ქალაქ პაგანის ნანგრევებს უკავია 40 კვ. კმ. ნაგებობების უმრავლესობა აგებულია XI-XIII საუკუნეების განმავლობაში, როდესაც პაგანი იყო დინასტიური სამეფოს დედაქალაქი. პაგანში დედაქალაქი 874 წელს გადაიტანა მეფე პინბიამ. თუმცა, ბირმის ისტორიაში დედაქალქის გადატანა ხშირად ხდებოდა და მეფე ანორატამ დედაქალაქი სხვა ქალაქში გადაიტანა. 1057 წელს მეფე ანორატჰამ დაიპყრო მონის სამეფოს დედაქალაქი ტატონი და ჩამოართვა პალის ხელნაწერები, ბუდისტი ბერები, მხატვრები და ხელოსნები წაიყვანა, რათა პაგანი კულტურულ ცენტრად ექცია. მან თჰერავადას სწავლება აიყვანა სახელმწიფო რელიგიის დონემდე და გააგზავნა შრი-ლანკაში სასულიერო მისია, საიდანაც მოიწვია ბერები, რომლებიც დაეხმარნენ თჰერავადას სწავლების დამკვიდრებაში მტელი ქვეყნის მასშტაბით. პაგანიგახდა მეცნიერების, რელიგიისა და კულტურის ცენტრი და მსოფლიოს ერთ-ერთი უდიდესი ქალაქი.

1287 წელს, ხარკის გადახდაზე უარის თქმის შემდეგ ქვეყანა დაიპყრეს მონღოლებმა მას შემდეგ რაც იუანის იმპერიამ განახორციელა რამდენიმე თავდასხმა პაგანზე. მონღოლებმა ქალაქი გაძარცვეს, დაანგრიეს ოქროს პაგოდები, მოიპარეს რელიგიური რელიქვიები. პაგანის სამეფოს უკანასკნელი ეპიგრაფიკული ცნობა დათარიღებულია 1369 წლით. პაგანი თანდათანობით მიატოვა ადგილობრივმა მოსახლეობამ და გაუკაცრიელდა.