არქეოლოგიური გათხრების შედეგად დასტურდება, რომ კესონის ტერიტორია დასახლებული ყოფილა ჯერ კიდევ ნეოლითის პერიოდში. საუკუნეების განმავლობაში კესონი სხვადასხვა სახელმწიფოების მმართველობის ქვეშ იყო და სახელებიც ამისდამიხედვით ეცვლებოდა. კოგურიოს პერიოდში ეწოდებოდა ბუსოგაპი. 475 წელს კესონი შედიოდა პექჩეს შემადგენლობაში და მათ ხელში დარჩა დაახლოებით ერთი საუკუნის განმავლობაში. 555 წელს ძველი კესონი გახდა სილას სამეფოს შემადგენელი ნაწილი და ეწოდა სონგაკ-გუნი. 898 წელს კესონი დაიპყრო კუნ ემ, რომელიც იყო ტაებონგის სამეფოს დამაარსებელი. 919 წელს შევიდა კორიოს სამეფოს შემადგენლობაში და გახდა ეროვნული დედაქალაქი. 960 წელს მეფე გუანგიონგის მმართველობის პერიოდში ქალაქს ეწოდა გაიგიონგი, 995 წელს კი მეფე სეონიონგის მმართველობის პერიოდში ეწოდა გაესონგ-ბუ. 1010 წელს მეფე ჰიეონიონგის მმართველობის პირველ წელს, კორიო-კიდანის მეორე ომის პერიოდში ქალაქის ყველა შენობა დაიწვა.

1392 წელს კორიოს დინასტია დაამხო ლი სონგემ და დაამყარა ჩოსონის დინასტიის ხელისუფლება, რომლებმაც 1394 წელს დედაქალაქი კესონიდან გადაიტანეს ჰანიანში (თანამედროვე სეული).

კესონი გახდა კიონგიდოს პროვინციის შემადგენელი ნაწილი და ასე დარჩა თვით კორეის ომამდე. 1951 წელს კესონი, რომელიც შედიოდა სამხრეთ კორეის შემადგენლობაში დაექვემდებარა ჩრდილოეთ კორეის კონტროლს და ჩამოყალიბდა კესონის რეგიონი. 1955 წელს კესონი გახდა პირდაპირი დაქვემდებარების ქალაქი.2002 წელს ჩამოყალიბდა კესონის სამრეწველო რაიონი, როგორც ქალქის ნაწილი.