ელისტა დაარსდა 1865 წელს, როგორც პატარა დასახლება. მისი სახელწოდება ყალმუხურად ,,ქვიშიანს“ ნიშნავს.[1] 1920 წლის ნოემბერში ელისტა გახდა ყალმუხეთის ავტონომიური ოლქის ადმინისტრაციული ცენტრი. 1930-იანი წლების დასაწყისისთვის ელისტა პატარა ქალაქად გადაკეთდა, რადგან იოსებ სტალინის კოლექტივიზაციის პოლიტიკამ აიძულა მრავალი ყალმუხი მიეტოვებინათ თავიანთი ტრადიციული მომთაბარე ცხოვრების წესი და თანამედროვე, მჯდომარე და ურბანული ცხოვრების წესი მიეღოთ. 1935 წლის ოქტომბერში ელისტა აღიარეს ყალმუხეთის ასსრ-ის დედაქალაქად. 1942 წლის ბოლოს ქალაქი მცირე ხნით დაიპყრო გერმანიის არმიამ. ეთნიკურ ყალმუხებსა და გერმანელებს შორის სავარაუდო თანამშრომლობის გამო, 1943 წლის 27 დეკემბერს ყალმუხეთის ავტონომიური საბჭოთა სოციალისტური რესპუბლია დაიშალა და მისი ეთნიკური ყალმუხი მოსახლეობა იძულებით გადაასახლეს ციმბირში. მათ სანაცვლოდ ქალაქში რუსი მოსახლება ჩამოიყვანეს. შეიცვალა ელისტას სახელიც და მას სტეპნოი (Степно́й) დაერქვა. ქალაქს სახელწოდება 1957 წლამდე შეუნარჩუნდა, მანამ სანამ გადასახლებულ ყალმუხებს, რომლებიც ცოცხალი გადარჩნენ, უკან დაბრუნების ნება არ მისცეს.

დასავლეთელმა ტურისტებმა ელისტას მონახულება 1990–იანი წლების შუა პერიოდიდან დაიწყო და ისინი მას შემდეგ მეტად გააქტიურდნენ, რაც ქალაქმა 1998 წელს საჭადრაკო ოლიმპიადას უმასპინძლა.