新石器時代（紀元前7000年-紀元前2500年）のメヘルガル遺跡が知られている。バルーチスターンはインダス文明を担ったとされるバルーチ人やブラフイ人（英語版）が住んでいた。

クリ文化（紀元前2500年-紀元前2000年）は、ゲドロシア（英語版）にあり、メヘルガル遺跡とはボーラーン峠（英語版）の反対側に位置している。クリ文化と同時代には西にジーロフト文化（英語版）などが知られている。クリ文化やジーロフト文化とインダス文明やエラムとの関係は未解明である。

紀元前530年頃、アケメネス朝ペルシアのキュロス2世によってゲドロシア（英語版）属州（サトラップ）が置かれた。

3世紀頃、マハーバーラタによればインド・スキタイ王国のパラタラジャス（英語版）[1]があった。

7世紀にはウマイヤ朝、8世紀にはアッバース朝とアラブ人の支配下に置かれていた。

13世紀にはモンゴル人の治世下になるイルハン国、15世紀にはチムール帝国の版図に入った。1486年、バルーチ人のミール・チャカール・リンド（英語版）がリンド部族（英語版）の族長となると、ラシャリ部族（英語版）との30年戦争で勝利した。さらにミール・チャカールはアフガニスタンやパンジャーブ地方へも侵攻し勝利した。

 

カラート藩王国の国旗

1638年にカラート藩王国（英語版）（1638年 - 1955年）が成立したが、ペルシャやアフガニスタンからの影響が大きく、アフシャール朝のナーディル・シャーがカラートの部族連合軍に勝利し、カルホラ（英語版）の領土を奪われた。その後、半独立の状態が長く続いたが、1758年に再び独立を確保する。

1840年にイギリス軍が侵攻。1854年に条約を結び、イギリス保護領バルーチスターン（英語版）となった。このあたりはイギリスによるインドの統治が進むにつれて、本国とインドの間の電信線を敷くためには不可欠な地方となり、ガージャール朝ペルシャのナーセロッディーン・シャーとロイター男爵が相談して行なわれた「ロイター利権（英語版）」（英: Reuter Concession）の供与と連動して、イギリスはバルーチスターンを4つの藩王国(カラート藩王国（英語版）、ハラーン藩王国（英語版）、ラス・ベラ藩王国（英語版）、マクラーン藩王国（英語版）)に分割し、バルチスタン首席弁務官領（英語版）を設置した。

1947年にイギリスのインド統治が終了すると、「もともとインドの一部ではないので」インドやパキスタンには参加せず、イギリスやパキスタンもカラート藩王国の独立を認めた上で、パキスタンとは特別の関係を結ぶことを模索し、1952年にバルーチスターン藩王国連合（英語版）として独立させ、議会や内閣を設置した。

パキスタンの軍事的圧迫（バルーチスターン紛争（英語版））に抗すことができず、藩王は併合条約に調印し、パキスタンに軍事併合された。その後もしばらく内政自治は続いていたが権限は大幅に縮小され、1955年には藩王国自体が名目上も消滅させられた（en:One Unit）。

バルチスタンはパキスタン国土の4割を占めるが人口は5%に過ぎない[2]。しかしバルチスタンは石炭、天然ガス、クロムなど豊富な資源に恵まれており、バルチスタンのバルーチ人はパキスタンと中国に富を収奪されているという意識を持っている。

1973年にイスラマバードのイラク大使館をパキスタン軍と警察が襲撃して武器が押収される事件が起き、イラクとソビエト連邦とインドはイランやパキスタンの領内で活動するバルーチスターン解放軍などのバルーチ民族主義（英語版）運動に援助を行ってるとパキスタン政府から非難された[3][4][5][6][7][8]。

1973年、en:1970s Operation in Balochistan（1973年 - 1978年）。

1998年5月28日と5月30日にパキスタンのナワーズ・シャリーフ首相兼国防大臣が初の核実験をバローチスターン州チャガイ地区（英語版）Ras Koh丘陵（英語版）の地下核実験施設で成功させた。

2004年、en:Drone attacks in Pakistan。

2013年、バルーチスターン解放軍によるen:2013 Quaid-e-Azam Residency attack。