1902年、ASペルピニャンとして創設された。1914年にフランス選手権の決勝に初めて進み初タイトルを獲得したが、直後に第一次世界大戦でこの時の優勝メンバーが数人亡くなっている。

1919年、クラブ名がUSペルピニャンとなった。1921年にはフランス選手権の決勝でスタッド・トゥールーザンを破り、2回目のタイトルを獲得した。1924年からは3シーズン連続で決勝に進出し、1924年・1926年はいずれもスタッド・トゥールーザンに敗れ準優勝に終わったが、1925年はASカルカソンヌに勝利して優勝を果たした。

1933年、クラブ名が現在のUSAペルピニャンとなった。1930年代はフランス選手権の決勝に3回進み、いずれもビアリッツ・オランピックとの戦いとなり、1935年・1939年は敗れ、1938年は勝利した。その後、第二次世界大戦による中断を挟んで1955年までに3回決勝に進み、2度のタイトルを獲得したが、その後は結果を残せず低迷するシーズンが続いた。1977年と1998年に進んだ決勝でもそれぞれASベジエ・エロー、スタッド・フランセに敗れた。

それでも徐々に強さを取り戻したペルピニャンは、2002-03シーズンのハイネケンカップ、2003-04シーズンのトップ16で準優勝した。2008年に獲得したダン・カーターはアキレス腱を痛め期待されたような結果を残せなかったが、2008-09シーズンのトップ14ではASMクレルモン・オーヴェルニュを下し1955年以来の悲願の優勝を飾った。

2013-14シーズン、トップ14で13位に終わったUSAペルピニャンはプロD2（2部）に降格した。2017-18シーズン、プロD2のリーグ戦を1位で終えると、昇格をかけたプレーオフにおいて決勝でFCグルノーブルを破り優勝し、2018-19シーズンのトップ14復帰を決めた[1]。

2018-19シーズン、トップ14で最下位に終わりプロD2（2部）に降格した。2020-21シーズンはプロD2のリーグ戦を1位で終えると、昇格をかけたプレーオフにおいて決勝でビアリッツ・オランピックを破り優勝し、2021-22シーズンのトップ14復帰を決めた。