1540年代、スペイン人は金鉱床を発見し、直後に兵士を送り、砦を築いた。1548年、前哨基地が、ドン・アントニオ・デ・メンドーサ総領事によって、レアル・デ・ミナス・デ・グアナファト(Real de Minas de Guanajuato)の名で、正式に設立した。チチメカ族の攻撃にもかかわらず、この地域の人口は、スペイン人、クリオーロ人の移住者、および先住民およびメスティーソの商人および労働者の到着とともに、急速に増加した。すぐに、町の名前がサンタフェ・レアル・デ・ミナス・デ・グアナファト、市長がプリファン・デ・リベラと宣言された。1555年に最初の教会が献堂され、1574年に「alcadía mayor」と命名された。 当初、街はマルフィル/サンティアゴ、テペタパ、サンタアナ、サンタフェと呼ばれる4つのバリオまたは近隣地区に分かれていた。サンタフェが最も古いと考えられ、現在のパスティア(Pastita)コロニアに位置している。この街は小さな川によって分断されており、主要な交通路となっている。最も古い地域はRayas y Mellado、Cata、La Valenciana、パスティアで、鉱山にちなんで名付けられている。

最初に発見されたサンバナベという鉱脈は、ヌエバ・エスパーニャだけでなくスペイン本土でも注目を集めた。この発見により、何千人もの移住者がこの地域に移り、その結果、Rayas鉱山などの他の鉱床が発見された。San Barnabeは、すべてが掘り尽くされた1928年まで、採鉱されていた。今日、この鉱山跡は、街のちょうど外側にある小さな町ラ・ルーズにある。 1679年、メキシコ総督フリード・ペイ・エンリケス・デ・リベラの命により、街の名前が、シウダー・デ・サンタフェ・イ・レアル・デ・ミナス・デ・グアナファト（Ciudad de Santa Fe y Real de Minas de Guanajuato）（非常に高貴で忠実な都市サンタフェ・イ・レアル・デ・グアナファト）に変更された。同じ年にエスカッシャンを与えられ、現在も使用されている。聖なる信仰（サンタフェ）を表している中央の女性のイメージを持つ金の背景の街の紋章である。紋章は、2つの月桂樹の枝、青いリボンと大理石の柱により支えられた貝殻のような他の画像が含まれている。それはカスティーリャの王冠とアカンサスの葉で覆われている。

1741年には、街は「最も高貴で忠実なサンタフェ・デ・ミナス・デ・グアナファト市」という称号を受け、鉱山からの豊富な富により、1790年に「インテンデンシア（州）」となった。18世紀には、世界でも有数の銀採掘センターであり、植民地時代初期のメキシコで最も豊かな都市となった。ラ・バレンシアナ鉱山の生産だけでも、世界経済に影響を及ぼし、バレンシナス伯爵は、ヌエバ・エスパーニャで最も強力なファミリーの１つとなった。この街は、18世紀にヌエバ・エスパーニャで最も豊かで、最も裕福な都市のひとつであった。この富は、その市民的および宗教的な建築において、明確となる。植民地時代の建築には、バレンシアナ、カタ、ラ・コンパニア（イエズス会）教会、グアナフアト聖母教会など、ヌエバ・エスパーニャで最も優れたバロック様式とクーリゲーゼ様式のいくつかの例が含まれている。この時期からの大部分の建設は、ピンクまたは緑の砂岩でできている。教会では、バロック様式の祭壇が、地元の鉱山の金が飾られていた。これらの構造は、中央メキシコ全体の後の建物に影響を与えた。ユネスコの世界遺産では、ラ・コンパニアとラ・バレンシアナの教会は、中南米でバロック様式の建築の最も美しい例の一つと考えられている。

町はメキシコ独立戦争時に、重要な役割を果たした。 かつて町は、現在は町の地下のトンネルを流れているグアナフアト川の周辺に建てられていた。しかし20世紀中頃、繰り返される洪水に対処するために建造物を持ち上げた。数年後、技術者がダムを建設して川の流れを地下の洞窟の方向に変えた。トンネルは照らされ、自動車の通行のために小さな丸石で舗装された。現在、町を走る車の大多数が、地下に造られた道路網を往来している。地下の道路は、最も良く町の特徴を表すものの1つである。