古代  紀元前4世紀から3世紀のものとされる、墓から出土した泥製の小立像

ハニアは、ギリシャ人がキドニア（英語版）（シドニアとも。ギリシャ語でマルメロを意味する）と呼んだミノア文明の定住地のあった場所である。このミノア文明都市が現在のハニアの下にあり、一部の有名な考古学的な証拠となる出土品が、旧市街のカステリ地区から見つかっている[1]。この一帯は新石器時代から人が暮らしていた。市はミノア文明が終焉を迎えた後、古代ギリシャの重要な都市国家として再び出現した。市はハニア湾からレフカ・オリ山地の麓へ伸びる領土を持っていた。最初のギリシャ本土からの移住者の到来は、紀元前1100年頃のドーリア人による。キドニアはアプテラ、ファラサルナ、ポリリニアといったクレタ島の他都市国家と定期的に戦争状態となった。キドニアは、ホメロスのオデッセイに記載されるほどキドニア人にとって十分なほど重要だった(iii.330)。紀元前69年、共和政ローマのコンスル、メテルスはクレタ人を退け、キドニアを征服した。彼は市に独立した都市国家としての特権を授けた。キドニアは3世紀まで、自分たちで硬貨を鋳造できる権利を保持し続けた。

東ローマ時代

東ローマ帝国の元での原始キリスト教時代（395年 - 824年）と、続くアラブ人による支配時代、定住地がカニア（Chania）と呼ばれていたことの記述が不十分である。東ローマ時代、キリスト教が島中に伝播したが、アラブ支配時代にはキリスト教徒は迫害され、山地へと移った。961年に東ローマは市を奪還した（1204年まで支配）。ギリシャ人らは再びアラブ人が侵攻するのを防ぐために市の防衛を強力に進め、一帯にあった古代ギリシャ時代の建物から資材を用いた。この時から、ハニアは司教座となった。

ヴェネツィア時代  現在のヴェネツィアン・ポート ヴェネツィア時代の古い港

1204年の第四次十字軍がコンスタンティノープルを陥落させ、ギリシャ本土での東ローマ支配が衰えると、クレタ島はボニファチオ・デ・モンフェラートへ与えられた。彼は逆に、100マルク銀貨でヴェネツィア共和国へ島を売ることにした。1252年、ヴェネツィア人はクレタ人をどうにかして打ち負かしたが、1263年に、競争相手のジェノヴァ共和国がクレタ人の支援を受け、マルタ伯エンリコ・ペスカトーレ（英語版）指揮のもと市を獲得した。この状態は1285年にヴェネツィアが奪還するまで続いた。ハニアは、地域のレクトル（行政監督職の将軍）の所在地に選ばれ、肥沃な農業地帯の突出した貿易中心地として繁栄を極めた。

ヴェネツィア支配は相対的に厳しく抑圧的だったが、ゆっくりと双方の関係は改善された。ヴェネツィアとの接触はクレタ文化とヴェネツィア文化との絡み合いを密接にしたが、クレタ人は自分たちのギリシャ正教会の伝統を失うことはなかった。市の名前はイタリア語でラ・カネア（La Canea）となり、要塞設備は強化され、このとき与えられたハニアの形態は現在もまだ残っている。一方で、1453年に東ローマ帝国が滅亡すると、多くの聖職者たちや芸術家らがクレタ島へ逃れてきて、島でのギリシャ人の信仰と文化を一層強めた。東ローマ、ヴェネツィア、古代ギリシャの文化要素が混ざり合った時代の後にハニアは続いた。市にある多くの重要な建物はこの時代に建てられ、知識的な活動（文筆、音楽、教育）も奨励された。

オスマン帝国領  オスマン帝国時代の旧港

1645年、わずか2ヶ月の包囲戦に耐えられなかったハニアの城壁はオスマン帝国に陥落させられた。トルコ人らはキッサモスにあるゴニア修道院近くに上陸し、略奪を働き火を放った。多くの死者、特にトルコ人の死者が包囲戦で生じた。トルコ人司令官は、40,000人以上という兵士を失ったことから本国へ召還され処刑された。のち、ほとんどの教会はモスクに転用され、市の富は持ち去られた。トルコ人は主に東のカステリ地区、スプランツィア地区に居住した。スプランツィア地区のドミニコ会派の聖ニコラオス教会は中央モスク（Houghiar Tzamissi）に変えられていたからである。トルコ人らはKioutsouk Hassan Tzamissiのような港にある新しいモスクも作った。公衆浴場（ハンマーム）、泉はトルコの都市のような特徴であった。クレタ島のパシャはハニアに居住した。

1821年、ギリシャはオスマン帝国に対し反旗を翻し、ハニアにおいてもギリシャ人とトルコ人の間に対立が起きた。どちらの側からも犠牲者が出て、その多くはキリスト教徒であった。キッサモス主教メルヒセデク・デスポタキスは革命的な事件に参加したために、スプランツィアで絞首刑に処され木に吊された。1878年、ハレパ協定（英語版）が締結され、キリスト教徒は権利を与えられた。このためにクレタ島在住のイスラーム教徒らがトルコへ移っていった。島に残ったトルコ人らは、1922年のギリシャ＝トルコの住民交換によって島を去った。

20世紀  エレフテリオス・ヴェニゼロス。現代ギリシャの政治家

1898年、独立とエノシス（英語版）（ギリシア語: Ένωσις、ギリシャ人が暮らす地域の統合）に向けての最後の行動の間、列強はハニアを半自治国家『クレタ州（英語版）』（ギリシア語: Κρητική Πολιτεία）の州都とし、ギリシャ王子ゲオルギオス（ゲオルギオス1世の次男）がクレタ総督となってハニアに暮らした。この時代のクレタ島は、独自の切手と通貨を発行していた。これは非常に重要な過渡期で、もはやオスマン帝国の隔絶したウィラーヤー（英語版）（県）ではなく、ハニアはさらに国際都市となり繁栄し、ヨーロッパからも東方からも影響を受けた文明の交差路としての役割を再獲得した。多くの重要な建物は、この時代に建てられ、知識階級や芸術を愛好する階級が生まれ、地元有力者の新たな階層は町の日々の生活に違った雰囲気をもたらした。ヘレパ地区は、この時代に作られた多くの優れた新古典主義建築の大使館、領事館がある。

しかし、クレタ島の真のゴールはギリシャとの再統合であり、エレフテリオス・ヴェニゼロスがゲオルギオス王子支配への定期的な反対を繰り返した後にもたらされた。1905年のテリッソス革命を含む対立の連続は、ゲオルギオス王子を退任させ、高等弁務官アレクサンドロス・ザイミス（英語版）（のちギリシャ首相となる）のクレタ島統治が始まった。ついに1908年、ヴェニゼロスは、列強の承認のもとで革命政府の設立を成し遂げた。1910年に行われたギリシャ首相選挙は、クレタが1913年12月1日にギリシャと統合する前の最後のステップとなった。ギリシャの国旗が、エレフテリオス・ヴェニゼロスと国王コンスタンティノス1世が出席した旧港のフィルカ砦での式典において、初めて掲げられた。

ハニア近郊のモウルニエス出身であるヴェニゼロスは、1896年-1897年に起きた対トルコ支配暴動の指導者だった。彼はのちにギリシャ首相となった偉大な政治家である。彼の墓は、ハニアを見下ろす丘の上にある(Profitis Ilias, 北緯35度31分29.5秒 東経24度03分22.2秒 / 北緯35.524861度 東経24.056167度 / 35.524861; 24.056167 (エレフテリオス・ヴェニゼロスの墓))。

第二次世界大戦

第二次世界大戦中、ハニアはナチス・ドイツの侵攻を受け、占領された。1941年のクレタ島の戦いで、イギリス軍はドイツ落下傘部隊と対峙した。イギリスは市の南にあるデサメニ丘を越えた場所に分隊を持っていた。これらの分隊は発見されたマレメ飛行場で、兵器が尽きるまでドイツ軍に爆撃された。ゲオルギオス2世もハニア郊外のペリヴォリア村にある自身の別荘に滞在していたが、エジプトへ逃れた。市の一部は爆撃され、反ドイツのレジスタンスに参加したために処刑されたり投獄される者の割合が顕著であった。ハニアのユダヤ人コミュニティーも、ドイツ占領時代に取り除かれた。彼らの多くは、1944年にナチス・ドイツによって島から移送された。悲劇的なことに、イギリスの魚雷がタナイス号を沈没させた。この船には戦前の島の共同体に属した、捕らえられたユダヤ人が大勢乗っていた。

現代

幸運なことに、ハニアとクレタ島全体は大戦後のギリシャ内戦の壊滅的な結末から逃れられた。ハニア市は1950年代に通常のペースでゆっくりと成長を遂げ、内戦の結果国が左派となった困難を克服しようとしていた。1970年代、クレタ島はギリシャ人と外国人観光客の主要観光地となった。観光業の成長は、市の経済へ突出した後押しをし、日々の生活と地元住民の文化全般に影響を及ぼした。1971年、クレタ島の州都はヘラクリオンへ移された。

^ C. Michael Hogan, Cydonia, The Modern Antiquarian, January 23, 2008