ラザラス・バラッタによるフレデリスクボー城（1652年） 

城の最も古い部分は1560年のもので、フレゼリク2世により建築された。フレデリクスボー城の名は、ここに由来する。しかし現在の宮殿の大部分は、1602年から1620年にかけてクリスチャン4世がオランダ人建築家ハンス・ファン・シュテーヴィンケルとロレンツ・ファン・シュテーヴィンケルに命じて作らせたものである。このオランダ様式が気に入ったクリスチャン4世は、コペンハーゲン内に建築した新しい建物にも、この様式を取り入れた。1648年にクリスチャン4世が死去すると、宮殿は主に公式行事に使用されるようになり、特に絶対王政下、宮殿の教会で聖別式や戴冠式が行われていた。

ここで戴冠したデンマークの王と王妃は以下のとおりである。

1671年: クリスチャン5世とシャルロッテ・アマーリエ・フォン・ヘッセン＝カッセル 1700年: フレデリク4世とルイーゼ・フォン・メクレンブルク 1721年: アンナ・ソフィー・レーヴェントロー、フレデリク4世の2度目の妻 1731年: クリスチャン6世とゾフィー・マグダレーネ・フォン・ブランデンブルク＝クルムバッハ 1747年: フレデリク5世とルイーズ・オブ・グレート・ブリテン 1752年: ユリアーネ・マリー・フォン・ブラウンシュヴァイク、フレデリク5世の2度目の妻 1815年: フレデリク6世とマリー・フォン・ヘッセン＝カッセル 1840年: クリスチャン8世とカロリーネ・アマーリエ・ア・アウグステンボー

1693年より、デンマーク最高勲章とダネブロー騎士称号授与の際、騎士の教会として使用される。

宮殿はまた、国王一家が集めた芸術コレクションの保管庫としても使用され、結果的に、国家的記念館として尊重されるようになった。1720年、フレデリクスボー条約がここで締結されている。1850年代には、宮殿は再びフレデリク7世の居城として使用されるようになった。1859年12月16日から17日にかけての夜、王が宮殿に滞在中に火事が発生、宮殿中心部の内装のほとんどが焼失した。 再建のための募金が行われ、国王や州も多額の献金を行った。 著名な慈善家でカールスバーグ・ブルワリーのJ.C.ヤコブセンもまた資金を提供し、現在フレデリクスボー城内部を占める国立歴史博物館の設立に大きな役割を果たした[1]。 デンマークの画家カール・ハインリッヒ・ブロッホによる膨大な名画コレクションが、宮殿内に保管されている。 宮殿に委任されたこれらの絵の多くは、イエス・キリストの生涯を題材としたものである。

ヨアキム王子とアレクサンドラ・マンリーが結婚式を挙げたのも、この宮殿内の教会だった。