この町の始まりは14世紀以前のことで、サハラ交易の拡大とともにアソデ（en:Assodé）に代わりトゥアレグ人の町としての重要性が徐々に高まった。この町ではいまでもビルマから塩を運ぶ隊商の到着をみることができる。

1449年以後、アガデスはスルタン制をとったが、1500年頃にソンガイ帝国に征服された。この時点でこの町の人口は30,000人ほどあり、西アフリカのカノやトンブクトゥと、北アフリカのオアシスであるガートやガダミス、地中海岸のトリポリを結ぶ中世の隊商交易の重要な中継点であった。モロッコからの侵略を受けた後人口は10,000人を割った。

1900年ごろこの町をフランスが手中に収めた。その後、トゥアレグ人貴族のKaocen Ag Mohammed（en:Ag Mohammed Wau Teguidda Kaocen）が反乱（en:Kaocen Revolt）を組織して一時期優勢に立ったが、フランス軍は1916年にこれを叩き潰した。のちに1990年代にはアガデスはトゥアレグ人による反乱（en:Tuareg Rebellion）の重要拠点のひとつとなった。