Lo stesso argomento in dettaglio: Cronologia tuareg.

Circa la storia più antica dei tuareg si sa poco di preciso. Forse sono collegati ai “Garamantes” delle fonti greche e romane. Ogni confederazione conserva tradizioni relative all'arrivo nelle sedi storiche. Spesso il progenitore ancestrale è una donna (per esempio Tin Hinan presso i tuareg del Nord tra quarto e quinto secolo), e quasi sempre si ricorda la presenza anteriore di altre popolazioni (gli Isebeten, dalla lingua un po' diversa e dai modi più primitivi).

Comunque sia, per secoli i Tuareg sono vissuti come dominatori del deserto, esercitando l'allevamento, il commercio transahariano e la razzia, il che portava a frequenti scontri tra tribù. Oggi allevano dromedari e vivono in villaggi provvisori formati da tende.

Sottomessi (almeno nominalmente) dai Francesi intorno agli inizi del Novecento, i Tuareg poterono mantenere a lungo i propri capi e le proprie tradizioni. Ma con la decolonizzazione videro il loro paese diviso fra molte nazioni moderne: Niger, Mali, Algeria, Libia e Burkina Faso, con la conseguente creazione di frontiere e di barriere che rendevano estremamente difficile, quando non impossibile, il modo di vita tradizionale basato sul nomadismo anche come conseguenza delle restrizioni nella circolazione. L'attrito con i governi al potere si fece sempre più forte e sfociò, negli anni novanta, in aperti scontri tra tuareg e i governi di Mali e Niger; l'intervento militare, che a volte ha massacrato la popolazione di interi villaggi (Tchin Tabaraden, Niger, maggio 1990), ha causato la morte di molte persone; parte della popolazione dei Tuareg infatti richiedeva autonomia per la propria madrepatria. I negoziati di pace portarono al decentramento del potere politico degli stati interessati e all'integrazione dei Tuareg in essi e nei rispettivi eserciti.

Soprattutto nel nord del Niger esistono ancora oggi gruppi di guerriglieri Tuareg che portano avanti la lotta armata per l'indipendenza e l'autodeterminazione politica e culturale del proprio popolo. Uno dei gruppi più famosi è il Movimento dei Nigerini per la Giustizia (Mouvement des Nigériens pour la justice, MNJ), che, oltre alla libertà della gente Tuareg, richiede la democratizzazione della politica del Niger, la fine della repressione sul popolo Tuareg e la sua entrata nella politica decisionale nigerina, la liberazione dei propri prigionieri politici, la fine dello sfruttamento intensivo e colonialista del proprio popolo e delle proprie terre, una più equa ripartizione dei proventi che il governo di Niamey trae dalle miniere di uranio svendute alle multinazionali occidentali (come la francese Areva). Altro gruppo combattente è il Fronte delle Forze per il Risanamento (Front des forces de redressement, FFR). Il Fronte Patriottico del Niger (Front patriotique nigérien, NPF), altra formazione ribelle, ha già deposto le armi. Nuovi episodi di violenza si sono manifestati tra 2004 e 2007.