Le iscrizioni dedicatorie del teatro a Gaio e Lucio Cesare, nipoti di Augusto designati alla successione, e la menzione di Gaio come console designato in uno degli altari rinvenuti nell'area della scena, permettono di collocare cronologicamente l'inaugurazione dell'edificio negli anni tra il 5 e l'1 a.C.

Nel III secolo sopra il teatro e riutilizzandone i materiali fu costruito un mercato colonnato, con uno spazio semicircolare scoperto che riprendeva la forma dell'orchestra. Il mercato venne probabilmente abbandonato dopo un incendio per il saccheggio dei Vandali nel 425. Un quartiere commerciale bizantino si installò nell'area nel VI secolo

Nel XIII secolo sulla parte superiore della cavea si sovrappose parzialmente la chiesa della Cattedrale vecchia (Catedral Vieja).

Nel 1988 ne vennero alla luce i primi resti, in occasione della costruzione del Centro regional de artesanía nella piazza della Condesa de Peralta. Gli scavi archeologici e la messa in luce del monumento furono completati nel 2003. Il suo restauro si concluse nel 2008.

Il monumento è stato integrato in un museo, inaugurato nel 2008, che incorpora inoltre il Palazzo consistorial, il palazzo di Riquelme e la chiesa di Santa Maria la Vieja. Il museo, progettato dall'architetto Rafael Moneo[1], si articola in due distinti edifici collegati da un corridoio sotterraneo.