Mentre non è certa l'etimologia del nome dell'arcipelago, forse da collegare al sanscrito Dvipa Sukhadhara o Dvīpa sukhatara, vale a dire "Isola della Felicità" o "Isola felice", non c'è dubbio che Socotra sia la Panchaia citata da Virgilio, in qualche modo ricollegabile al mito della fenice. I Greci la collegavano a loro volta ai Dioscuri e da questo le sarebbe infatti venuto il nome di Διοσκορίδου, Dioskourídou con cui viene ricordata nell'anonima trattazione risalente al 40-70 d.C., il Periplus Maris Erythraei, vale a dire dell'Oceano Indiano fino alle coste occidentali del Golfo del Bengala, e di Dioscoridis Insula con cui la chiamavano i Romani.

Socotra è ricordata tra gli altri da Cosma Indicopleuste, Marco Polo, e dai geografi musulmani Yāqūt (m. 1229), al-Qazwīnī (m. 1283), al-Idrīsī (XII secolo) e al-Hamdānī (m. 1538). Malgrado la tradizione cristiana sostenga che i suoi abitanti siano stati convertiti al Cristianesimo dall'apostolo Tommaso nel 52 d.C., la popolazione di Socotra è oggi interamente musulmana, ed è costituita prevalentemente da Arabi, Somali, Indiani, Tollesi e discendenti di schiavi neri africani.

Sebbene alcune fonti attribuiscano all'esploratore Tristão da Cunha il merito di aver raggiunto Socotra nel XVI secolo per poi proclamarne l'annessione al Portogallo, l'impresa va invece ascritta a Alfonso de Albuquerque che nel 1507 mise per primo piede sull'isola. A quel tempo il Cristianesimo era scomparso da Socotra, ma erano ancora visibili le croci di pietra che sarebbero state erette un tempo dagli abitanti. Nel 1542, durante la sua permanenza sull'isola, San Francesco Saverio trovò un gruppo di persone che sosteneva di discendere dagli abitanti convertiti da San Tommaso. Il vescovo Osorio scrisse a tal proposito che i discoridi, abitanti di Discoride, erano tanto casti da non poter conoscere più di una donna nella vita.

Le isole passarono già nel 1511 sotto il controllo degli Imam di Mascate e dei sultani di Qishn e della regione del Mahra, che così aggiunsero alle loro titolature anche quella di sultano di Socotra. Fu occupata dalla Gran Bretagna nel 1834, in base a un accordo che prevedeva la permanenza britannica nell'isola per solo un quinquennio. L'approdo a Socotra per il rifornimento del naviglio indusse il governo delle Indie a trattarne l'acquisto, finché nel 1886 il Sultano accettò il protettorato della Corona britannica che così la annetté al suo Protettorato di Aden. Con l'indipendenza dello Yemen del Sud il 30 novembre 1967, Socotra passò allo Yemen meridionale nel 1971, entrando poi a far parte dello Yemen unificato il 22 maggio 1990. Il capoluogo di Socotra è Hadibu.