I primi insediamenti sono databili al periodo della colonizzazione dell'Islanda.
I primi abitanti di Seyðisfjörður arrivarono nell'area nel 1848; si trattava di pescatori norvegesi. Le tipiche case in legno, per le quali il paese è conosciuto, furono per la maggior parte costruite da loro.
Durante la seconda guerra mondiale Seyðisfjörður venne usata come base militare angloamericana.
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