Nel 1907, per decreto del governatore generale dell'Africa Occidentale Francese Ernest Roume, fu ribattezzata Port-Étienne in onore dell'ex ministro francese delle Colonie Eugène Étienne. Dopo l'indipendenza della Mauritania nel 1960 la cittadina ha assunto la denominazione attuale.

Dall'inizio del 2006, Nouadhibou è diventata un punto di partenza per gli emigranti africani che cercano di raggiungere le Isole Canarie. Questa rotta - estremamente pericolosa per raggiungere il continente europeo - è diventata popolare grazie al rafforzamento, a metà del 2005, dei controlli sull'emigrazione lungo la costa marocchina e intorno alle enclave spagnole di Ceuta e Melilla. Nel dicembre 2019 almeno 58 persone sono morte in un naufragio a circa 25 km a nord della città[1].