I primi reperti storici vicino alle Grotte del Drago rivelarono un antico insediamento della civiltà talaiotica, sviluppatasi tra l'età del bronzo e l'età del ferro nelle Isole Baleari, in particolare a Maiorca e Minorca. Secondo una leggenda, i Templari tenevano i loro tesori nella grotta perché protetti da un drago.[1] La prima notizia scritta delle grotte risale comunque al 1338 in un messaggio di Rover di Rovenach, governatore dell'isola, che inviò un gruppo di soldati a perquisire le grotte per cercare il tesoro dei Templari che era scomparso.[1]

Le grotte non sono mai state presenti in alcuna cartina dell'isola fino al 1784, quando vennero incluse dal cardinale Despuig nella mappa di Maiorca.[2]

Nel 1878 alcuni catalani scomparvero nelle grotte e fu così che le Grotte del Drago iniziarono ad essere conosciute. I ricercatori furono recuperati vivi ma non riuscirono a spiegare fino a che punto della grotta si fossero addentrati. Infatti, disperati, scrissero sulla parete: No hi ha esperança (Non c'è speranza).[1]

Nel 1880 lo speleologo e cartografo tedesco M. F. Will si avventurò nella profondità delle grotte disponendo solo delle carte della parte anteriore. Si accorse che più si addentrava, maggiore era la deviazione della bussola in direzione nord.[1] Così creò la mappa completa delle grotte.[2]

Durante una spedizione nel settembre del 1896, Alfred Martel, finanziato dall'arciduca d'Austria Luigi Salvatore d'Asburgo-Lorena,[3] studiò a fondo il sistema delle grotte.[1] Si accorse che dietro la Grotta di Luis Salvador, in un punto chiamato La Finestra, si estendeva una distesa d'acqua i cui limiti erano ancora sconosciuti. Iniziarono così i lavori che culminarono con la scoperta del lago e della Grotta dei Francesi da dove oggi partono le visite turistiche. Successivamente, sempre grazie alla spedizione di Martel, furono scoperti altri 1600 metri di cavità.[2]

Nel 1922, il maiorchino Juan Servera spese ingenti somme di denaro per l'acquisto di terreni relativamente poco attraenti a Porto Cristo, all'ingresso delle grotte.[1] Nel 1926, in occasione del XIV Congresso Geologico Internazionale, M. Faura i Sans pubblicò una nuova topografia aggiornata.[3] Nel 1929 si aprì una nuova entrata alla grotta. Due anni dopo, a seguito di alcune esibizioni private con musica e balletti, Juan Servera decise di far illuminare l'interno delle grotte e le barche dei musicisti sul lago.[1] L'inaugurazione ufficiale avvenne nel 1935 quando l'ingegnere catalano Carles Buïgas, noto come 'il mago della luce'[4] e famoso per l'illuminazione delle fontane di Montjuïc per l'Esposizione Universale del 1929 di Barcellona, completò il suo progetto di illuminazione dell'interno delle grotte.[5]