Fin dall'antichità, l'isola di Cabrera e gli isolotti vicini furono visitati dai popoli che navigavano il Mediterraneo: Fenici, Cartaginesi, Romani e Bizantini, vi trovavano riparo e rifornimenti di acqua e cibo.[1]

Tra il XIII e il XIV secolo, l'isola e il suo porto naturale furono utilizzati come base dai pirati berberi per gli attacchi alle coste maiorchine. Per questo motivo alla fine del XIV secolo fu costruita una fortificazione, detta el Castillo, per evitare l'accesso dei pirati al porto e garantire una maggiore sorveglianza delle acque vicine a Maiorca.

Nel 1808, durante la Guerra d'indipendenza spagnola, l'isola divenne luogo di detenzione per i soldati francesi, fatti prigionieri dopo la sconfitta nella battaglia di Bailen, che vi rimasero sino alla firma della pace nel 1814.

Alla fine del XIX secolo, l'isola di Cabrera diviene proprietà privata della familia Feliu, che vi introduce la coltivazione della vite, costruendovi una casa vinicola, attualmente sede di un museo.

Nel 1916 l'intero arcipelago viene espropriato per esigenze di difesa nazionale e Cabrera diventa sede di una piccola guarnigione militare; negli anni successivi l'isola viene utilizzata come poligono di tiro. I vincoli militari posti sull'area la pongono al riparo dalla speculazione edilizia, mantenendola inalterata sino al 1991, anno in cui passa sotto la gestione del Ministero dell'Ambiente spagnolo, che vi istituisce il Parco nazionale marittimo e terrestre.[2] Dal luglio del 2009, la gestione del parco è stata trasferita alla Comunità Autonoma delle Isole Baleari.[3]