La chiesa è dedicata a san Giuda Taddeo, uno dei dodici apostoli, che subì il martirio nel 66 d.C. durante la predicazione dei Vangeli e che gode di alta venerazione presso la chiesa armena. Dice la leggenda che la prima costruzione di una chiesa a lui dedicata avvenne nel 68 d.C. sopra il luogo della sua sepoltura. La chiesa e il monastero furono edificati probabilmente nel VII secolo e d è posta in prossimità di un piccolo villaggio.[1]

Non rimane molto della chiesa originale che fu distrutta da un terremoto nel 1319 e ricostruita nel 1329, tuttavia alcune parti intorno all'altare risalgono al X secolo, la parte posteriore è quella più antica, in pietra nera (da cui il suo nome); mentre l'ingresso, la parte anteriore e centrale, in arenaria di color chiaro, sono del XIX secolo. Gli ampliamenti e i restauri si devono al principe Abbas Mirza della dinastia Qajar. Il complesso è circondato da mura fortificate.

Nel luglio del 2008 il monastero di San Taddeo è stato incluso nella lista del patrimonio dell'umanità dell'UNESCO assieme al monastero di Santo Stefano e alla cappella di Dzordzor[2].