Il monastero di Alcobaça è uno dei primi edifici portoghesi legati all'ordine Cistercense. Venne fondato nel 1153 come dono per Bernardo di Chiaravalle, poco prima della sua morte, dal primo re portoghese, Alfonso I, per commemorare la vittoria sui Mori a Santarém nel marzo del 1147. La creazione del monastero fece parte della strategia di Afonso I di consolidare la propria autorità nel nuovo regno, e per promuovere la colonizzazione delle aree recentemente conquistate dai Mori durante la Reconquista.

La costruzione del monastero iniziò nel 1178, dopo circa 25 anni dall'arrivo dei monaci cistercensi nella regione di Alcobaça. All'inizio i monaci vivevano in case di legno, e si trasferirono in quelle di pietra solo nel 1223. La chiesa venne completata nel 1252. Chiesa e monastero furono i primi edifici gotici del Portogallo. L'ultimo ritocco al complesso medievale venne dato nel tredicesimo secolo, quando re Dionigi I ordinò la costruzione del chiostro gotico, chiamato Chiostro del Silenzio.

I monaci dedicarono le loro vite alla meditazione religiosa, creando manoscritti illuminati nello scrittorio. I monaci produssero un trattato della storia amministrativa portoghese diviso in una serie di libri. La biblioteca di Alcobaça fu una delle più grandi biblioteche medievali portoghesi, ma venne saccheggiata durante l'invasione francese del 1810, e molti libri vennero rubati durante le sommosse anti-clericali del 1834, quando gli ordini religiosi portoghesi vennero dissolti. I resti della biblioteca, compresi centinaia di testi medievali, sono tuttora conservati presso la Biblioteca Nazionale di Lisbona.

Durante il Medioevo il monastero acquisì notevole importanza. Il monastero comprendeva anche zone agricole, e l'abate regnava su un'ampia zona. Una scuola pubblica venne aperta nel 1269. L'importanza del monastero è evidente per il fatto che molti reali vennero seppelliti al suo interno tra il tredicesimo ed il quattordicesimo secolo. Re Alfonso II, Alfonso III, la regina Urraca e Beatrice di Castiglia, vi vennero sepolti, così come Pietro I e la moglie, Inés de Castro (uccisa per ordine del padre di Pietro, Alfonso IV.) Dopo essere stato incoronato Pietro commissionò due stupende tombe gotiche per sé e per la moglie, entrambe visibili all'interno della chiesa.

Durante il regno di Manuele I venne aggiunto il secondo piano al chiostro, ed una nuova sagrestia, secondo lo stile tardo gotico portoghese noto come "stile manuelino". Il monastero venne ampliato nel diciottesimo secolo con l'aggiunta di un chiostro e di torri alla chiesa, mantenendone però le parti medievali. Nel periodo barocco i monaci erano famosi per le loro sculture in argilla, molte delle quali si trovano ancora nel retablo.

Il grande terremoto di Lisbona del 1755 non fece particolari danni al monastero, anche se parte della sagrestia ed alcuni edifici minori vennero distrutti. I danni maggiori vennero causati dall'invasione delle truppe francesi nel 1800. Oltre al saccheggio della biblioteca vennero depredate le tombe, e rubate o bruciate parte delle decorazioni della chiesa. Nel 1834, durante la dissoluzione dei monasteri, agli ultimi monaci venne ordinato di lasciare il convento.

Oggi il monastero di Alcobaça è una delle maggiori attrazioni turistiche del Portogallo.