Il nome di Raja Ampat (raja significa re ed empat significa quattro) derivebbe dalla mitologia locale che racconta di una donna che trova sette uova. Quattro delle sette si schiudono e diventano re che occupano quattro delle isole più grandi di Raja Ampat mentre le altre tre diventano un fantasma, una donna e una pietra.

Il primo avvistamento e sbarco registrato da parte di europei delle isole Ampat fu da parte del navigatore portoghese Jorge de Menezes e del suo equipaggio nel 1526, in rotta da Biak, la penisola di Bird's Head e Waigeo, verso Jailolo (Ternate).

L'islam arrivò per la prima volta nelle isole Raja Ampat nel XV secolo a causa di contatti politici ed economici con il Sultanato di Bacan. Durante il XVI e il XVII secolo, il sultano di Tidore, con sede nelle Molucche, aveva stretti legami economici e politici con le isole, in particolare con Gurabesi. Durante questo periodo, l'Islam si stabilì saldamente e i capi locali iniziarono ad adottarlo. Le isole Raja Ampat erano state colonizzate in passato da un popolo marinaro originario di Biak. La colonizzazione potrebbe essere avvenuta nel XVI secolo. Il mitico eroe Biak Gurabesi, durante un viaggio verso ovest, finì alla corte del primo sultano di Tidore nelle Molucche settentrionali, Jamaluddin, che regnò dal 1495 al 1512. Jamaluddin era a quel tempo impegnato in una battaglia con una flotta da guerra del Principato di Jailolo su Halmahera. Gura Besi aiutò il sultano a sconfiggere la flotta e in cambio ricevette in dono una delle sue figlie, Boki Tabai. Gurabesi fu anche nominato re dell'arcipelago a ovest del Vogelkop, sebbene rimase in debito con il sultano. Gura Besi si stabilì con la principessa Boki Tabai a Waigeo e vi ebbe quattro figli. Dopo la morte di Gura Besi, i figli litigarono tra loro. Si separarono, ognuno si stabilì su una delle isole più grandi e lì si proclamò re. L'arcipelago deve proprio il suo nome olandese al nome Viervorsteneilanden. Raja è indonesiano per re o monarca; ampat è la variante malese locale per empat, la parola indonesiana per il numero quattro. Questo mito, basato in parte su basi storiche, è stato successivamente utilizzato dal presidente indonesiano Sukarno per sottolineare gli stretti legami tra Papua e Indonesia. Il mito fu riutilizzato da Sukarno nel periodo tra il 1948 e il 1962 per comprovare le rivendicazioni indonesiane sulla Nuova Guinea olandese.

Lo stretto rapporto tra i monarchi delle isole Raja Ampat e delle Molucche era stato notato anche dai portoghesi nel XVI secolo. A quel tempo esistevano stretti rapporti con il sultanato di Batjan (Bacan) a sud-ovest di Halmahera. Anche l'Islam è entrato nelle isole Raja Ampat attraverso contatti commerciali. Parte della popolazione dell'isola, in particolare a Misool, si convertì all'islam in quel periodo.

Come conseguenza di questi legami, Raja Ampat era considerata parte del Sultanato di Tidore. Dopo che la Compagnia olandese delle Indie orientali occupò a poco a poco le Molucche, fu successivamente rivendicato dai Paesi Bassi.

La parola "Papua" avrebbe avuto origine nelle isole Raja Ampat. Seguendo l'esempio di Biak, la popolazione effettuava regolarmente incursioni (raid) su altre isole e anche i villaggi di pescatori sulle coste delle Molucche venivano razziati. Gli abitanti delle isole Raja Ampat non erano molto conosciuti nelle Molucche e venivano chiamati papwa. Originariamente questo nome era usato solo per gli abitanti delle isole Raja Ampat, ma in seguito il nome fu corrotto in Papua, e come pars pro toto entrò in uso per riferirsi a tutti gli abitanti della Nuova Guinea.

L'esploratore inglese William Dampier ha dato il nome allo stretto di Dampier, che separa l'isola di Batanta dall'isola di Waigeo. Ad est c'è uno stretto che separa Batanta da Salawati. Nel 1759 il capitano William Wilson, navigando su un East Indiaman di nome Pitt, navigò in queste acque e chiamò uno stretto "stretto di Pitt", dal nome della sua nave; questo era probabilmente il canale tra Batanta e Salawati.

Le isole Raja Ampat facevano parte della Nuova Guinea olandese nel periodo tra il 1948 e il 1962. Il gruppo di isole era una località amministrativa separata appartenente al dipartimento della Nuova Guinea occidentale. La località amministrativa era amministrata dalla piccola isola di Doom al largo della costa del porto di Sorong, sulla punta occidentale del Vogelkop.