Il luogo fu abitato già dalla preistoria, come testimoniano i diversi siti megalitici presenti nei dintorni.

Nel periodo di dominazione romana, Évora fu un nodo importante di strade che collegavano diverse regioni di Spagna e Portogallo. È citata da Plinio con il nome di Ebora Cerealis per l'abbondanza di granaglie prodotta nella regione. Da Cesare fu chiamata Liberalitas Julia e in seguito la città si arricchì di monumenti di cui rimangono i resti: il tempio detto di Diana (ma non si sa se dedicato a Giove o a Diana) e un arco trionfale nella zona dove doveva trovarsi il foro. Fu conquistata da Ataulfo, re dei visigoti nel 416, poi nel 715 dagli arabi che vi restarono per quattro secoli e mezzo fino al 1165[1], quando secondo la tradizione venne riconquistata da Geraldo Geraldes (meglio noto come Geraldo sem Pavor, lett. Geraldo senza paura), figura semileggendaria della Reconquista portoghese. Da allora la città conobbe un nuovo sviluppo: fu eretta una nuova cinta muraria in parte ancora visibile e divenne a diverse riprese sede delle cortes e residenza reale. Geraldo compare nel blasone della città di Évora e a lui è dedicata la centrale Praça do Giraldo.

Dall'ascesa al trono di Giovanni I, Évora ebbe un periodo di splendore che la portò a diventare nei secoli XV e XVI la seconda città del Portogallo. Fu sede di un palazzo reale e dal 1559 un'università che Giovanni III affidò ai Gesuiti.

Quando Sebastião José de Carvalho e Melo, marchese di Pombal, despota illuminato riformatore ricostruì Lisbona distrutta dal terremoto, centralizzò il potere e nel 1759 espulse i Gesuiti e ne confiscò i beni, l'università venne soppressa e per Évora seguì un periodo di declino, finché nel secolo successivo tornò ad essere un importante centro agricolo-commerciale.