Durante la maggior parte dell'Era Moderna, il delta del Danubio è stato sotto il controllo dell'Impero ottomano. Nel momento della dissoluzione di esso, l'Impero austro-ungarico e le altre potenze europee misero in campo tutte le loro forze per evitare che il delta finisse nelle mani dell'Impero russo. Il Trattato di Parigi del 1856, che pose termine alla Guerra di Crimea decretò che fosse una commissione internazionale ad occuparsi della regione e da quel momento iniziarono i lavori continui per mantenere navigabile il fiume Danubio.

Dal 1877 al 1917 fu confine tra la Romania e l'Impero russo. Dal 1919 al 1940 e poi dal 1941 al 1944 fu interamente parte della Romania. Dal 1944 al 1991 fu confine tra Romania e RSS Ucraina, allora parte dell'Unione Sovietica. Dal 1991 è al confine tra Romania e Ucraina. Nel 1991 il delta del Danubio è stato inserito dall'UNESCO nell'elenco dei siti indicati come patrimonio dell'umanità e riserva della biosfera. Circa 2733 km² sono aree strettamente protette. Dal 2000 la riserva è collocata del Diploma europeo delle aree protette.