Da antiche registrazioni, risale al 528 durante il Regno Silla, nel 15º anno del regno di Beopheung (514-540). La costruzione in quest'area era costituita in origine da un primo piccolo tempio, chiamato "Hwaeom Bulguksa" o "tempio Beopryusa"; mentre il tempio che si può ammirare oggi venne eretto da Kim Dae-seong nel 751 durante il regno di Gyeongdeok (742-765), iniziato dal suo Primo Ministro per placare gli spiriti dei suoi genitori. La costruzione venne ultimata dopo la sua morte, nel 774, durante il regno di Hyegong (765-780) e venne battezzata col nome di Bulguksa, cioè "Tempio della terra di Buddha".

Il tempio fu sottoposto a numerosi restauri a partire dalla dinastia Goryeo (918-1393), fino alla dinastia Joseon (1392-1910). Durante l'invasione giapponese del 1592 gli edifici in legno vennero completamente distrutti per mezzo del fuoco. Dopo il 1604, durante il 37º anno del regno di Seonjo, si iniziò la ricostruzione del complesso, seguita da circa 40 rinnovamenti fino al 1805, (durante il regno di Sunjo, 1790-1834). Durante la nuova occupazione nipponica del XX secolo, i giapponesi intrapresero un altro restauro, ma non si hanno documenti scritti che riportino l'entità dei lavori svolti; inoltre, in quegli anni il tempio venne danneggiato e depredato dei tesori che custodiva.

Dopo la seconda guerra mondiale e la successiva guerra di Corea, un nuovo parziale restauro venne condotto nel 1966. Nel 1969 venne formato il Comitato di Ricostruzione del Tempio Bulguksa e nel 1973 Mulseoljeon, Gwaneumjeon, Birojeon, Gyeongru e Hoerang (tutti precedentemente demoliti) vennero ricostruiti. Inoltre, vennero rimessi a nuovo altri siti vecchi o danneggiati come Daeungjeon, Geungnakjeon, Beomyeongnu e Jahamun. Per ordine del presidente Park Chung-hee, fra il 1969 e il 1973 vennero condotti approfonditi scavi e studi archeologici, oltre ad un ulteriore restauro che ha dato a Bulguksa l'aspetto odierno. Le strutture in pietra non sono andate distrutte durante tutti questi avvenimenti e risalgono all'epoca del regno Silla.