Il sito dove sorge l'alcazaba ospitava in antichità una fortificazione fenicia[1], sulle cui rovine fu costruita una nuova fortezza da Abd al-Rahman I nell'VIII secolo[1].

L'attuale costruzione fu opera in parte del re delle taifa berbere di Granada, Badis ben Habús che ordinò di fortificare l'alcazaba tra il 1057 e il 1063[2][1][3], utilizzando i marmi e le statue del teatro romano adiacente per abbellirla, ma gli studi mettono in discussione questa affermazione dato che esistono indizi che stabiliscono che piuttosto di un lavoro di costruzione, si trattò di una restaurazione delle antiche mura di cinta di origine fenicio-punica.

Ma prima di Ben Habús, la dinastia Hammudidi, gli ultimi califfi di Córdoba e re della Taifa di Malaga, che trasferirono la corte califfale a Malaga durante la Fitna di al-Andalus, usarono la residenza malagueña[4].

La città fu conquistata prima dagli Almoravidi nel 1092 e dagli Almohadi nel 1146 per passare, nel 1279, sotto i Nasridi del Sultanato di Granada, i quali migliorarono e ampliarono le fortificazioni della alcazaba[1].

Durante l'assedio che, il 19 agosto del 1487, permise ai Re cattolici la conquista della città, l'Alcazaba rappresentò l'ultimo rifugio dei mori.[5] Dopo aver innalzato la croce e la bandiera di Castiglia nella torre maestra, il re Fernando consegnò a Malaga l'immagine della Vergine della Vittoria, opera di origine tedesca regalata dall'imperatore Massimiliano I al monarca spagnolo. Da allora, la "Vergine della Vittoria" è la patrona della città.

Successivamente, tutte le mura di cinta hanno subito un processo di abbandono e saccheggio. Lo stato di degrado fu particolarmente rilevante tra il Settecento e l'Ottocento.[5] Le mura esterne furono usate per la creazione delle case del quartiere della Coracha. Nelle prime decadi del XX secolo si inizia a riabilitare l'edificio. Nel 2009 si sono stabiliti nuovi lavori di conservazione dell'Alcazaba e di ciò che la circonda.