Peralatan, senjata, dan sisa dari batu membuktikan bahwa Bhutan telah dihuni sejak awal 2000 SM. Para sejarawan telah berteori bahwa negara Lhomon (harfiah, "kegelapan dari selatan"), atau Monyul ("Tanah Gelap", Referensi pada Monpa, penduduk asli Bhutan) sudah ada antara 500 SM dan 600 M. Nama Lhomon Tsendenjong (Negeri Cendana), dan Lhomon Khashi, atau Mon Selatan (negeri 4 tujuan) telah ditemukan dalam kronik Bhutan dan Tibet kuno.

Peristiwa tertulis paling awal di Bhutan adalah lewatnya tokoh suci Buddha Padmasambhava (juga disebut Guru Rinpoche) pada abad ke-8. Sejarah awal Bhutan tidak jelas, karena sebagian besar catatan telah musnah setelah kebakaran di Punakha, ibu kota kuno pada 1827. Dari abad ke-10, perkembangan politik Bhutan amat dipengaruhi oleh sejarah religiusnya. Berbagai anak sekte Buddha muncul yang dilindungi oleh berbagai maharaja Mongol dan Tibet. Setelah runtuhnya bangsa Mongol pada abad ke-14, anak-anak sekte itu bersaing satu sama lain demi supremasi dalam bentang politik dan agama, akhirnya menimbulkan naiknya anak sekte Drukpa di akhir abad ke-16.

Hingga abad ke-17, Bhutan ada sebagai fiefdom yang saling berperang hingga dipersatukan oleh lama Tibet dan pemimpin militer Shabdrung Ngawang Namgyal. Untuk mempertahankan negerinya dari penggarongan yang sebentar-sebentar dilakukan bangsa Tibet, Namgyal membangun sebuah jaringan dzong (benteng) tak terkalahkan, dan mengumumkan kode hukum yang membantu membawa raja-raja setempat di bawah kendali terpusat. Banyak dari dzong itu yang masih ada. Setelah kematian Namgyal pada 1651, Bhutan jatuh dalam suasana anarkis. Mengambil keuntungan dari kekacauan itu, orang Tibet menyerang Bhutan pada 1710, dan kembali pada 1730 dengan bantuan orang Mongol. Kedua serang itu berhasil digagalkan, dan gencatan senjata ditandatangani pada 1759.

 

Peta Bhutan

Pada abad ke-18, Bhutan menyerang dan menduduki Kerajaan Cooch Behar di selatan. Pada 1772, Cooch Behar meminta British East India Company yang membantu mereka dalam mengusir orang Bhutan, dan kemudian dalam menyerang Bhutan sendiri pada 1774. Sebuah perjanjian damai ditandatangani di mana Bhutan setuju mundur dari perbatasannya sebelum 1730. Namun, perdamaian itu renggang, dan pertempuran perbatasan dengan Inggris berlangsung hingga ratusan tahun berikutnya. Akhirnya pertempuran itu menimbulkan Perang Duar (1864–1865), konfrontasi atas mereka yang akan mengendalikan orang Duar dari Benggala. Setelah Bhutan kalah perang, Perjanjian Sinchula ditandatangani antara India Britania dan Bhutan. Sebagai bagian pemulihan perang, bangsa Duar diserahkan kepada Kerajaan Bersatu Britania Raya dan Irlandia dalam pertukaran sewa Rs. 50,000. Perjanjian itu mengakhiri semua permusuhan antara India Britania dan Bhutan.

Selama 1870-an, perjuangan kekuatan antara lembah saingan Paro dan Trongsa menimbulkan perang saudara di Bhutan, akhirnya menimbulkan naik tahtanya Ugyen Wangchuck, ponlop (gubernur) Tongsa. Dari basis kekuataanya di Bhutan tengah, Ugyen Wangchuck mengalahkan para musuh politiknya dan mempersatukan negeri ini menyusul beberapa perang saudara dan pemberontakan antara 1882–1885.

Pada 1907, tahun penting di negri ini, Ugyen Wangchuck dipilih dengan suara bulat sebagai raja pusaka negeri ini oleh majelis rahib Buddha, pejabat pemerintahan, dan kepala keluarga penting yang menonjol. Pemerintah Britania menyetujui dengan cepat monarki baru ini, dan pada 1910 Bhutan menandatangani perjanjian yang membuat Britania Raya ‘memandu’ urusan luar negeri Bhutan.

Setelah India mendapatkan kemerdekaan dari Britania Raya pada 15 Agustus 1947, Bhutan menjadi salah satu negara pertama yang mengakui kemerdekaan India.

Setelah Britania meninggalkan kawasan ini, sebuah perjanjian yang mirip dengan yang pada tahun 1910 diandatangani pada 8 Agustus 1949 dengan India yang baru merdeka.

 

Dzong Trongsa

Setelah Pasukan Pembebasan Rakyat RRT memasuki Tibet pada 1951, Bhutan menyekat perbatasan utaranya dan mengembangkan hubungan bilateral dengan India. Untuk mengurangi risiko gangguan RRT, Bhutan memulai program modernisasi yang didukung sepenuhnya oleh India. Pada 1953, Raja Jigme Dorji Wangchuck mendirikan badan pembuat UU di negeri itu– Majelis Nasional beranggotakan 130 orang– untuk meningkatkan bentuk pemerintahan yang lebih demokratis. Pada 1965, ia mendirikan Dewan Penasihat Kerajaan, dan pada 1968 ia membentuk kabinet. Pada 1971, Bhutan memasuki PBB, setelah memegang kedudukan pengamat selama 3 tahun. Pada Juli 1972, Jigme Singye Wangchuck naik tahta pada usia 16 setelah kematian ayahandanya Dorji Wangchuck.

Sejak 1988, para imigran Nepal begitupun imigran gelap telah mendakwa Bhutan melanggar HAM. Mereka mengatakan bahwa pemerintah Bhutan bertanggung jawab atas kejahatan perang dan kejahatan terhadap penduduk minoritas penutur bahasa Nepalnya. Dugaan itu tetap tak terbukti dan dengan suara keras disangkal pihak Bhutan. Sebagian besar para pengungsi itu tinggal di kamp pengungsian yang dibuat PBB di Nepal tenggara di mana mereka tetap di sana selama 15 tahun.

Pada 1998, Raja Jigme Singye Wangchuck memperkenalkan reformasi politik signifikan, memindakan sebagian besar kekuasaannya kepada PM dan mengizinkan panggilan pertanggungjawaban pada raja oleh dua pertiga mayoritas Majelis Nasional. Di akhir 2003, tentara Bhutan berhasil meluncurkan operasi skal besar untuk meredam para pengacau anti-India yang menjalankan kamp pelatihan di Bhutan selatan.

Pada 1999, sang Raja juga mencabut larangan TV dan Internet, membuat Bhutan salah satu dari negara terakhir yang memperkenalkan TV. Dalam pidatonya, ia berkata bahwa TV adalah langkah penting buat modernisasi Bhutan seperti sumbangan utama pada Kebahagiaan Nasional Bruto negeri ini (Bhutan ialah satu-satunya negara yang mengukur kebahagiaan) namun memperingatkan penyalahgunaan TV yang bisa menggerus nilai-nilai tradisional Bhutan.

Sebuah konstitusi baru telah diperkenalkan pada awal 2005[1] yang akan diratifikasi oleh referendum sebelum diterapkan. Pada Desember 2005, Raja Jigme Singye Wangchuck mengumumkan bahwa ia akan turun tahta pada 2008. Sang Raja akan digantikan puterandanya, putra mahkota Jigme Khesar Namgyel Wangchuck. Namun sebelum tahun itu tiba (2006), ia telah turun tahta.