Masjid Chaqchan (bahasa Urdu: مسجد چقچن; berarti Masjid Ajaib) adalah masjid yang berada di Khaplu Baltistan. Masjid ini dibangun oleh Mir Sayyid Ali Hamadani atau dengan gelar Shah Syed Muhammad Nurbakhsh Qahistani seorang mubaligh sufi pada tahun 1370.

Masjid ini dipercaya sebagai salah satu masjid yang sudah eksis sejak awal peradaban Islam di kawasan Khaplu. Pemerintah utama Pakistan juga tercantum dimasukkannya Masjid Chaqchan sebagai Situs Warisan Pakistan

Masjid Chaqchan ini sempat mengalami kerusakan karena termakan usia karena sebagian besar bahan bangunan ini berbahan kayu. Kayu pilihan yang kemudian diukir dengan ukiran khas Tibet. Untuk mencegah ambruk dan hilangnya salah satu warisan budaya dunia, lembaga Aga Khan melakukan restorasi total dan berhasil mengembalikan bentuknya kepada bentuk aslinya.