Choquequirao (mungkin dari logam Quechua chuqi, k'iraw crib, cot) adalah situs Inca di Peru selatan, strukturnya mirip dan arsitektur ke Machu Picchu. Reruntuhannya adalah bangunan dan teras pada tingkat di atas dan di bawah Sunch'u Pata, puncak bukit yang terpotong. Puncak bukit pada zaman dahulu diratakan dan dikelilingi batu untuk membuat platform berukuran 30 kali 50 m.

Choquequirao pada ketinggian 3.050 meter (10.010 ft) berada di taji pegunungan Vilcabamba di distrik Santa Teresa, Provinsi La Convención di Wilayah Cusco. Kompleks ini memiliki luas 1.800 hektar, di mana 30–40% di antaranya digali. Situs ini menghadap ke ngarai Sungai Apurimac yang memiliki ketinggian 1.450 meter (4.760 kaki).

Situs ini dicapai dengan mendaki dua hari dari luar Cusco. Choquequirao telah menduduki puncak dalam daftar Lonely Planet's Best in Travel 2017 Top Regions yang bergengsi.