Զալցբուրգում մարդկային բնակության առաջին հետքերը թվագրվում են Նեոլիթյան դարաշրջանով։ Քաղաքի առաջին բնակավայրերը հավանաբար կառուցվել են կելտերի կողմից մ.թ.ա. մոտ 5-րդ դարում։

Մ.թ.ա. 15 թ. Հռոմեական կայսրությունը միավորեց այդ բնակավայրերը մեկ քաղաքում։ Այդ ժամանակ քաղաքը կոչվում էր Յուվավում։ Մ.թ. 45 թ. այն ստացավ ինքնավար քաղաքի կարգավիճակ։ Յուվավումը դարձավ կարևոր քաղաք Հռոմեական Կայսրության Նորիկումի նահանգում։ Նորիկումի սահմանի վերացումից հետո Յուվավումն ընկավ և արդեն ուշ 7-րդ դարում այն գրեթե ավերված էր[1]։

Քաղաքի վերածնունդը կապված է 8-րդ դարի սուրբ Ռուբերտի կյանքի պատմության հետ։ Երբ մոտ 700 թ. Բավարիայի հերցոգ Թեոդոնը խնդրում է Ռուպերտին դառնալ եպիսկոպոս, վերջինս ուսումնասիրեց գետի տարածքը՝ այնտեղ բազիլիկ եկեղեցի կառուցելու նպատակով։ Ռուպերտն ընտրեց Յուվավում քաղաքը, կարգեց քահանաներ և դրան կցեց Փիդինգի կալվածքը։ Ռուպերտն անվանեց քաղաքը Զալցբուրգ։ Այնուհետև նա սկսեց ավետարանչականություն քարոզել քաղաքում։

Քաղաքը անկախացավ Բավարիայից ուշ 14-րդ դարում։ Այն եղել է Զալցբուրգի արքեպիսկոպոսի (Սրբազան Հռոմեական կայսրության արքայազն-եպիսկոպոս) նստավայրը։ Երբ Ռեֆորմացիայի շարժումը թափ էր հավաքում, Զարցբուրգում և քաղաքի շրջակայքում բնակվող գյուղացիների շրջանում անկարգություններ սկսվեցին։ Քաղաքը գրավվեց Գերմանիայի գյուղացիական պատերազմի ժամանակ, իսկ արքեպիսկոպոսը ստիպված եղավ փախչել ամրոցից[2]։ Այն պաշարված է եղել երեք ամիս՝ մինչև 1525թ.։

Վերջապես, անկարգությունները ճնշվեցին, և քաղաքի ծաղկեց՝ իր գագաթնակետին հասնելով ուշ 16-18-րդ դարերին՝ արքայազն-եպիսկոպոսներ Վոլֆ Դիետրիխ ֆոն Ռայտենաուի, Մարկ Սիտիխ ֆոն Հոհենեմսի և Փարիզ Լոդրոնի օրոք։ 17-րդ դարում իտալացի ճարտարապետները (և ավստրիացիները, որոնք ուսումնասիրել էին բարոկկոն) մի շարք պալատների հետ միասին վերակառուցեցին քաղաքի կենտրոնը այնպես, ինչպես այն ներկայանում է այսօր[3]։

1731 թ. հոկտեմբերի 31-ին 95 թեզերի 214-ամյակի առիթով Զալցբուրգի արքեպիսկոպոս կոմս Լեոպոլդ Անտոն ֆոն Ֆիրմիանը ստորագրեց Վտարման հրովարտակը (Emigrationspatent)՝ հրամայելով ավետարանչականություն դավանող բոլոր քաղաքացիներին հրաժարվել իրենց ոչ կաթոլին հավատալիքներից։ 21.475 քաղաքացիներ հրաժարվեցին թողնել իրենց հավատալիքները և արտաքսվեցին Զալցբուրգից։ Նրանց մեծ մասը առաջարկ ստացավ Պրուսիայի թագավոր Ֆրիդրիխ Վիլհելմ I-ի կողմից և հասավ արևելյան Պրուսիա[4]։ Մնացած մասն էլ բնակություն հաստատեցին Եվրոպային այլ պրոտեստանտական երկրներում և Ամերիկայի բրիտանական գաղութներում։

1772–1803 թթ. արքեպիսկոպոս Հիերոնիմուս ֆոն Կոլլոռեդոյի օրոք Զալցբուրգը ուշ Լուսավորության դարաշրջանի կենտրոն էր։

1803 թ. Նապոլեոնը դարձնեց Զալցբուրգի արքեպիսկոպոսին աշխարհիկ կառավարիչ։ Նա փոխանցեց տարածքը Տոսկանայի մեծ դուքս Ֆերդինանդ III-ին՝ Տոսկանայի նախկին մեծ դքսին՝ որպես Զալցբուրգի կուրֆյուրստություն։

1805 թ. Զալցբուրգը Բերխտեսգադենի պրոբստության հետ միասին բռնակցվեց Ավստրիական կայսրությանը։

1809 թ. Վարգամի ճակատամարտում Ավստրիայի կրած պարտությունից հետո Զալցբուրգի տարածքը հանձնվեց Բավարիայի թագավորությանը։

Վիեննայի վեհաժողովից հետո Մյունխենի հաշտության պայմանագրի կնքումից հետո (1816 թ.) Զալցբուրգը վերադարձվեց Ավստրիային, սակայն առանց Ռուպերթիգաուի և Բերխտեսգարտենի, որոնք մնացին Բավարիայի կազմում։ Զալցբուրգը մտավ Զալցախի մարզի կազմում և Զալցբուրգերլենդը կառավարվում էր Լինց քաղաքից[5]։

1850 թ. Զալցբուրգի կարգավիճակը վերականգնվեց. այն դարձավ Ավստրիական կայսրության Զալցբուրգի դքսության մայրաքաղաքը։ 1866 թ. քաղաքը դարձավ Ավստրո-Հունգարական կայսրության մասը՝ որպես Ավստրիական կայսրության մարզի մայրաքաղաք։ Ռոմանտիկ դարաշրջանի հանդեպ կարոտը հանգեցրեց զբոսաշրջության աճի։ 1892 թ. քաղաքում տեղադրվեց ճոպանուղի, որը հեշտացրեց զբոսաշրջիկների հոսքը դեպի Հոհենզալցբուրգ ամրոց[6]։

 

Զալցբուրգը 1914 թ.

Առաջին համաշխարհային պատերազմից և Ավստրո-Հունգարական կայսրության կազմալուծումից հետո Զալցբուրգը, որը Ավստրո-Հունգարական կայսրության տարածքներից մեկի մայրաքաղաքն էր, դարձավ Գերմանական Ավստրիայի մասը։ 1918 թ. այն ներկայացնում էր Ավստրիայի մնացյալ գերմանախոս տարածքները։ 1919 թ. Սեն Ժերմենի հաշտության պայմանագրի կնքումից հետո (1919 թ.) սրան փոխարինեց Ավստրիայի Առաջին Հանրապետությունը։

 

Երիտասարդ ավստրիացիները մասնակցում են տոնակատարություններին Անշլյուսից հետո

Անշլյուսը (Ավստրիայի, ներառյալ Զալցբուրգի, օկուպացիան և բռնակցումը նացիստական Գերմանիայի կողմից) տեղի ունեցավ 1938 թ. մարտի 12-ին՝ Ավստրիայի անկախության հանրաքվեից մեկ օր առաջ։ Գերմանական զորքերը մտան քաղաք։ Արդյունքում քաղաքական հակառակորդները, հրեա քաղաքացիները և այլ փոքրամասնությունները ձերբակալվեցին և աքսորվեցին համակենտրոնացման ճամբարները։ Հրեական սինագոգն ավերվեց։ Գերմանիայի՝ Խորհրդային Միության վրա հարձակվելուց հետո քաղաքում կազմվեցին Խորհրդային Միությունից և այլ թշնամի երկրներից աքսորված ռազմագերիների ճամբարներ։

նացիստական Գերմանիայի կողմից գրավման ժամանակ Զալցբուրգ-Մաքսգլանում կառուցվեց գնչուական ճամբար։ Այն աշխատանքային կրթական ճամբար էր (Arbeitserziehungslager), որն ապահովում էր տեղական արդյունաբերությունը ստրկական աշխատանքով։ Այն գործում էր նաև որպես տարանցիկ ճամբար (Zwischenlager), որտեղ պահվում էին գնչուները մինչև նրանց կաքսորեին արևելյան Եվրոպայի գերմանական ճամբարներ կամ գետտոներ[7]։

Դաշնակից պետությունների ռմբակոծման արդյունքում ավերվեց 7.600 տուն, սպանվեց 550 քաղաքացի։ 15 օդային հարվածները ոչնչացրին քաղաքի շենքերի, հատկապես Զալցբուրգի երկաթուղային կայարանի շուրջ գտնվող շենքերի 46%-ը։ Չնայած որ քաղաքի կամուրջներն ու տաճարի գմբեթը վնասվել էին՝ Զալցբուրգի բարոկկո ճարտարապետության մեծ մասը մնաց անխաթար։ Արդյունքում Զալցբուրգն իր պատմական ոճն այսօր էլ պահպանող քաղաքի հազվագյուտ օրինակների մեկն է։ 1945 թ. մայիսի 5-ին ամերիկյան բանակը մտավ քաղաք, և այն դարձավ Ավստրիայի ամերիկյան ուժերի կողմից օկուպացված կենտրոն։ Այնտեղ ստեղծվեցին տեղահանվածների համար բազմաթիվ ճամբարներ, որոնցից էին նաև Ռիեդենբուրգը, Կամպ Հերցլը, Կամպ Մյուլնը, Բեթ Բիալիկը, Բեթ Թրումփելդորը և Նոր Պաղեստինը։

Երկրորդ համաշխարհային պատերազմից հետո Զալցբուրգը դարձավ Զալցբուրգի դաշնային մարզի (Land Salzburg) մայրաքաղաքը։ 2006 թ. հունվարի 27-ին Վոլֆգանգ Ամադեուս Մոցարտի 250-ամյակի առթիվ Զալցբուրգի բոլոր 35 եկեղեցիների զանգերը զանգեցին առավոտյան ժ. 8:00-ին։ Տարվա ընթացքում տեղի ունեցան բազմաթիվ տոնակատարություններ։

2017 թ. դրությամբ Զալցբուրգի մեկ շնչին բաժին ընկնող ՀՆԱ-ն կազմել է €46.100, որը ավելի մեծ է, քան Ավստրիայի և եվրոպական երկրների մեծ մասի միջին ՀՆԱ-ն[8]։