Հիսարի հովիտը պատմական աղբյուրներից հայտնի է որպես տարածք, որի քաղաքներով անցնում էր Մեծ Մետաքսի ճանապարհի քարավան առևտրային ճանապարհը։ Մինչ արաբների արշավանքը այս տարածքում գոյություն են ունեցել Ահարոնի և Շումանի պետական ​​կազմավորումները։

Այս վայրը զրադաշտական ​​«Ավեստա» սուրբ գրքում հիշատակվում է «Շումոն» անունով։ 11-րդ դարում «Հիսար» («Гиссар») բառն առաջին անգամ գրանցվել է որպես գյուղի, թաղամասի կամ վարչական միավորի անուն[1]։

Արաբական խալիֆայության օրոք տեղի բնակչությունն ընդունել է իսլամ։ 9-10-րդ դարերում եղել է Սամանիների պետության կազմում։ 11-րդ դարում և 19-րդ դարի սկզբին քաղաքը մտնում էր թյուրքա-մոնղոլական պետական ​​կազմավորումների մեջ, իսկ 19-րդ և 20-րդ դարերի սկզբին՝ Բուխարա էմիրության կազմում։ Հիսարում պահպանվել են մեդրեսեն (այժմ՝ թանգարան) և Հիսար ամրոցի ավերակները։

1953 թվականին Հիսար գյուղը ստացել է քաղաքատիպ ավանի կարգավիճակ[2]։