Բոյնիցեի ամրոցն առաջին անգամ հիշատակվել է գրավոր գրառումներում 1013 թվականին, Զոբոր աբբայությունում գտնված փաստաթղթում։ Սկզբում այն կառուցվել է որպես փայտե ամրոց, այն աստիճանաբար փոխարինվեց քարով, արտաքին պատերը ձևավորվել էին ըստ անհարթ ժայռոտ տեղանքի։ Նրա առաջին սեփականատերը Մաթուշ III Չակն էր, որն այն ստացել է 1302 թվականին Հունգարիայի թագավոր Վացլավ 3-րդից։ Ավելի ուշ, 15-րդ դարում այն ​​պատկանում էր Մատյաշ Հունյադիին, որը 1489 թվականին տվել է իր ապօրինի որդուն՝ Յանոշ Կորվինուսին։ Մատյաշը սիրում էր այցելել Բոյնիցե, և այստեղ էր, որ նա աշխատել է իր արքայական հրամանագրերի վրա։ Նա թելադրում էր նրանց իր սիրելի լորենու տակ, որն այժմ հայտնի է որպես «Մատյաշ թագավորի լորենի»։ Նրա մահից հետո ամրոցը դարձավ Զապոլիաի ընտանիքի սեփականությունը (տես Յանոշ Զապոլիաի)։ Տուրզոսները՝ Հունգարիայի հյուսիսային Թագավորության ամենահարուստ ընտանիքը, ձեռք բերեց ամրոցը 1528 թվականին և ստանձնեց նրա հիմնական վերակառուցումը։ Նախկին բերդը վերածվեց վերածննդի ամրոցի։ 1646 թվականից սկսած ամրոցի սեփականատերերն էին Պալֆիները (Pálffy), որոնք շարունակել են վերակառուցել ամրոցը։

Ի վերջո, Պալֆի ընտանիքից ամրոցի վերջին հայտնի սեփականատեր Յանոշ Ֆերենց Պալֆին (1829-1908), 1888-1910 թվականներին կատարել է բարդ ռոմանտիզմի վերակառուցում և ստեղծել է առ այսօր Լուարի հովտի ֆրանսիական ամրոցների գեղեցիկ դրսևորումը։ Նա ոչ միայն ամրոցի կառուցողն էր, այլև ճարտարապետը և գրաֆիկական դիզայները։ Նա օգտագործել է իր նուրբ գեղարվեստական ​​ճաշակը և սերը արվեստի գործերի հավաքման համար։ Նա իր ժամանակի հնագույն գրերի, գոբելենների, գծագրությունների, գեղանկարների և քանդակների մեծագույն հավաքորդներից էր։ Նրա մահից և երկար վեճերից հետո նրա ժառանգները վաճառել էին ամրոցի բազմաթիվ արվեստի թանկարժեք գործեր, այնուհետև, 1939 թվականի փետրվարի 25-ին վաճառել են ամրոցը առողջարանային սպա կենտրոնի համար և հարակից հողերը չեխ գործարար Ժան Անտոնին Բատային (Jan Antonín Baťa, Bata-ի կոշիկի սեփականատերը)։

1945 թվականից հետո, երբ Բատայի գույքը բռնագրավվեց Չեխոսլովակիայի կառավարության կողմից, ամրոցը դարձավ մի քանի պետական ​​հաստատությունների նստավայր։ 1950 թվականի մայիսի 9-ին ամրոցում հսկայական հրդեհ էր բռնկվել, սակայն այն վերակառուցվել էր կառավարության հաշվին։ Վերակառուցումից հետո այստեղ բացվել է նոր ոճի ճարտարապետության դարաշրջանի փաստաթղթավորման և ներկայացման մասնագիտացված թանգարան։ Բոյնիցեի թանգարանը այժմ Սլովակիայի ազգային թանգարանի մի մասն է։