1984 óta a skandináv országok már működtetnek egy magbankot a szigetcsoporton, egy elhagyott szénbányában. Nagyobb szabású létesítmény felépítését azonban nem kockáztatták meg, mivel a szigetcsoporthoz a Szovjetunió is könnyen hozzáférhetett.[1] Az új magbunker megnyitását követően az itt tárolt mintákat is áthelyezik majd.

Az alapkőletétel 2006. június 19-én volt; a projekt jelentőségét jelzi, hogy az eseményen megjelent Norvégia, Svédország, Finnország, Dánia és Izland miniszterelnöke is. A bunker építését 2007 márciusában kezdték el, és 2008 végére fejezték be. A norvég kormány 5 millió euróval járult hozzá az építési költségekhez.[2]

A hivatalos megnyitó 2008. február 26-án volt, a norvég miniszterelnök és José Manuel Durão Barroso, az Európai Bizottság elnökének jelenlétében.[3]

A létesítmény a Nyugati-föld (Spitsbergen) szigeten, 120 méter mélyen egy homokkőhegy gyomrában kap helyet. A sziget mentes a tektonikus mozgásoktól, és a permafroszt eleve biztosít bizonyos fokú hűtést, amit (helyben bányászott szén energiájával üzemeltetett[4]) hűtőberendezésekkel fokoznak a kívánt szintre. A magokat tároló kamrákat egy méter vastag, megerősített betonfalak, légkamrák és nyomásálló ajtók védik.[2][5] A lehetséges időjárási változásokat elemezve megállapították, hogy a magbank 200 év múlva még a legpesszimistább forgatókönyv szerint is a tenger szintje fölött lesz.[6]