गोपालराजवावलि का कहना है कि बौधनाथ की स्थापना नेपाली लिच्छवी राजा शिवदेव (ल. 590–604 ईस्वी) द्वारा की गई थी; हालांकि अन्य नेपाली क्रोनिकल्स ने इसे राजा मानदेव (464-505 ईस्वी) के शासनकाल के लिए निर्धारित करते है। तिब्बती सूत्रों का दावा है कि 15वीं सदी के अन्त या 16वीं सदी की शुरुआत में स्थल पर एक टीले की खुदाई की गई थी और वहां राजा अशुवर्मा (605–621) की हड्डियों की खोज की गई थी।

खस्ती चैत्य के शुरुआती ऐतिहासिक सन्दर्भ नवरस के इतिहास में पाए जाते हैं। सबसे पहले, खस्ची को लिच्छवी राजा वृषदेव (400) या विक्रमजीत द्वारा प्राप्त चार स्तूपों में से एक के रूप में उल्लेख किया गया है। दूसरी बात यह है कि स्तूप की उत्पत्ति के बारे में न्यूर्स की कहानी राजा धर्मदेव के पुत्र, मानदेव को उनके लेखन के लिए प्रायश्चित के रूप में मनादेव को महान लिच्छवी राजा, सैन्य विजेता और कला के संरक्षक जिन्होंने 464-505 में शासन किया था। मानदेव को गोंद बहल के स्वयंभू चैत्य से भी जोड़ा जाता है। तीसरा, एक और महान लिच्छवी राजा शिवदेव (590-194) एक शिलालेख द्वारा बौद्ध से जुड़ा हुआ है; हो सकता है कि उसने चैत्य को पुनर्स्थापित किया हो।