बागेरहाट में शिलालेख से पता चलता है कि मस्जिद १४५० और १४५९ के बीच सुल्तान महमूद शाह के शासनकाल के दौरान बनाई गई थी। महमूद शाह के शासनकाल को महत्वपूर्ण वास्तु विकास द्वारा चिह्नित किया गया था। दक्षिण बंगाल में, बागेरहाट का मस्जिद शहर बंगाली इस्लामी वास्तुकला की सरलीकृत 'खान जहान शैली' को प्रदर्शित करता है। उलुग खान जहान सड़कों, पुलों, और पानी की टंकियों और कई मस्जिदों और मकबरों के साथ एक नियोजित नगरी स्थापित करने के लिए जिम्मेदार था। उलुग खान जहान इसी नगर में रहता था और एक सूफी परोपकारी था।

१८९५ में, ब्रिटिश भारत के भारतीय पुरातत्व सर्वेक्षण द्वारा इस क्षेत्र का एक व्यापक सर्वेक्षण किया गया था, और १९०३-०४ में साठ गुंबद मस्जिद की मरम्मत का काम शुरू किया गया था। छत के कुछ भाग और भाग में और २८ गुंबदों को १९०७-०८ में बहाल किया गया था। १९८२-८३ में, यूनेस्को ने बागेरहाट क्षेत्र के लिए एक योजना बनाई और यह १९८५ में विश्व धरोहर बन गया।