בעת העתיקה הייתה אינדונזיה מורכבת מממלכות שונות. במאה ה-2 הביאו מתיישבים הודים את הבודהיזם למספר ממלכות באיי סומטרה וג'אווה. מנין שנים נפוץ בג'אווה היה אג'י סאקא שראשיתו בשנת 78. מקורו בהודו. ראשית השימוש בכתב פאלי ההודי באינדונזיה מתוארך לשנת 101. עם הגעת סוחרים ערבים ופרסים במאה ה-8, נפוץ האסלאם באיים. נמצאה מצבת קבר של שיח' מוסלמי בבארוס באי סומטרה שזמנה לשנים 668/669[1]. זהו האזכור הקדום ביותר של המוסלמים באינדונזיה. קיימת עדות של נוסע סיני על נוכחות מוסלמים באינדונזיה כבר בשנת 674[2], ממלכת סריויג'איא יצרה קשר עם הח'ליפה עמר בן עבד אלעזיז החל 718. אז שלח המאהאראג'א סרי אינדראוארמאן של סריויג'איא מכתב אל הח'ליפה בבקשה שישלח אליו מטיף ללמדו את האסלאם. אין בזה אשור לאסלום ממלכת סריויג'איא כי נתיניה המשיכו להאמין בבודהיזם. תשובת המוסלמים למכתב באה במכתב משנת 724 בלווי שפחה "זנג'ית" אפריקנית שחורה שנשלחה אל סרי אינדראוארמאן[3]. מסחרה של סריויג'איא הגיע עד מדגסקר במערב, כולל מהגרים מסריויג'איא שנותרו שם בשנת 830, הודו, תאילנד, הפיליפינים, מלאיה, סין וכל מרחבי הארכיפלג האינדונזי עד לאיריאן המערבית. ישנה כתובת חרוטה על לוח נחושת שנמצאה בפיליפינים המעידה על קשר בין הפיליפינים לסריויג'איא והאי ג'אווה. הכתובת מכילה מילים מ-4 שפות: סנסקריט, מלאית עתיקה, טאגאלוג ושפת האי ג'אווה. זמנה מקביל ליום שני 21 באפריל שנת 900.

בתקופה הקולוניאלית היו תבלינים מצרך חשוב ויקר באירופה. כאשר הגיעו הפורטוגלים לאיים בשנת 1505 בחיפוש אחר תבלינים, הם מצאו מספר רב של מדינות קטנות וחברות שבטיות שהיו חשופות להשתלטות. הרצון לשלוט בסחר התבלינים הביא את חדירת ההולנדים לאזור החל מ-5 ביוני 1596, ובמשך מאה ה-17 בעזרת חברת הודו המזרחית, אשר ייסדה תחנות סחר ושלטה ברוב איי האזור באמצעות מושלים ונסיכים מקומיים.

בשנת 1798 התמוטטה החברה ההולנדית, הולאמה על ידי הרפובליקה הבטאווית ב-31 בדצמבר 1799 ושוב פשטה רגל ב-1806 ואחרי מלחמות נפוליאון, עברו שטחיה בשנת 1816 לשלטון הולנדי ישיר, שדיכא מרידות של בני האיים ועד ל-1918 השלים השתלטות על כל שטחי אינדונזיה של היום. באותה עת צמחה במדינה תנועה לאומית חזקה.

 

בשנת 1940, במשך מלחמת העולם השנייה, מנעה הולנד מהאימפריה היפנית את יבוא הנפט מאינדונזיה, דבר שגרם להתקפה והשתלטות יפנית על האיים בשנת 1942. יהודי אינדונזיה הושמו במחנות בתקופה זו. גם כלפי המוסלמים הופעלה מדיניות מזלזלת ומשפילה: היפנים כפו על כל המתפללים במסגדים להתפלל לכיוון טוקיו במקום מכה. היפנים כוננו ממשלה משתפת פעולה מקרב אנשי המפלגה הלאומית וב-22 במרץ 1945 ארגנו ועדה שדנה בעצמאות אינדונזיה. ב-17 באוגוסט 1945 הכריזו נציגי המושבה, בהנהגת סוקרנו, על עצמאות אינדונזיה[4]. פחות מחודש לאחר מכן יפן נכנעה אך חייליה הושארו ככוח לשמירת החוק באיים בשם הולנד עקב אי יכולתה של האחרונה לשלוח צבא, בהיותה עסוקה בעצמה בשיקום ארצה החרבה מהכיבוש הנאצי. כעת הכוח היפני הפך מתומך העצמאות למדכא שלה, אך כוחותיו של סוקרנו המשיכו לנהל מלחמת גרילה. גם ההולנדים לא הכירו בהכרזה ובמשך 4 שנים התחוללה במדינה מלחמת גרילה נגד שני הכובשים. למרות הצעות הפשרה ההולנדיות, שכללו מתן מעמד מיוחד של דומיניון לאינדוזיה[5] לחץ בינלאומי אילץ את הולנד להכיר לבסוף בעצמאות המדינה, ב-27 בדצמבר 1949[6]. סוקרנו הפך לנשיאה הראשון של הפדרציה של אינדונזיה.

כבר ב-1950 החליף סוקרנו את המשטר הפדרטיבי ברפובליקה ריכוזית, ובשנים הבאות גברו נטיותיו הרודניות. במדיניות החוץ התקרב סוקרנו לעמדות הרפובליקה העממית של סין וברית המועצות, ואילו כלפי פנים ניסה להשליט את התרבות הג'אווית על המיעוטים שביקשו אוטונומיה. בין השנים 1959 עד 1965 החיל סוקרנו על המדינה משטר אוטוריטרי שכונה "דמוקרטיה מודרכת". בשנות ה-60 נחלש כוחו של סוקרנו ובמקביל גברה השפעת המפלגה הקומוניסטית במדינה. כאשר האו"ם קיבל את מלזיה כחברה לא קבועה, למרות התנגדות חריפה של אינדונזיה, ביטל סוקרנו בראשית 1965 את חברותה של אינדונזיה באו"ם, והחל להפעיל בגלוי יחידות צבאיות שחצו ב-28 ביוני את הגבול המלזי והתעמתו עם כוחות הצבא המקומיים. פריצתה של מלחמה אזורית כוללת נעצרה רק בעקבות טיהור הקומוניסטים באינדונזיה, מלחמת אזרחים שפרצה במדינה לאחר ניסיון הפיכה ב-30 בספטמבר 1965. לאחר ניסיון זה השתלט הצבא, בפיקוד סוהארטו, על המדינה כשהוא מדכא באכזריות את תומכי המפלגה הקומוניסטית. ב-12 במרץ 1967 הפך סוהארטו רשמית לנשיא, והודיע על הדחתו של סוקרנו.

תחת שלטונו של סוהארטו זכתה אינדונזיה לשגשוג בזכות מדיניות פרו-מערבית ורפורמות כלכליות בתעשיית הנפט, אולם סכסוכים פנימיים והאשמות רבות בשחיתות גרמו להתחזקות האופוזיציה ולהתרבות תנועות הקוראות לדמוקרטיה. בשנת 1998 נאלץ סוהארטו להתפטר בעקבות המשבר הכלכלי באסיה, ושנה לאחר מכן נערכו במדינה בחירות דמוקרטיות. חוסר היציבות נמשך כאשר מיעוטים בדלנים רבים שואפים לאוטונומיה, בעוד הצבא מנסה להבטיח את המשך קיום אינדונזיה כמדינה ריכוזית אחת.

 

בשנת 1975 כבשה אינדונזיה את המושבה הפורטוגלית לשעבר מזרח טימור ודיכאה באכזריות את תושביה. לפי הערכות שונות בין 102 ל-300 אלף תושבים מתו ברעב או נרצחו בצורה אלימה בידי הצבא האינדונזי במה שמכונה רצח העם במזרח טימור, כלומר בין שביעית עד שליש מתוך האוכלוסייה המקורית. בשנת 2002, לאחר שנים של מאבק אלים ובעקבות התערבות בינלאומית ומשאל עם זכתה מזרח טימור בעצמאות.

בשנת 2019 הוחלט להקים בירה חדשה באי בורנאו[7], ובשנת 2022 הוחלט ששמה של העיר יהיה נוסאנטארה[8] והחוק להעברת הבירה עבר בפרלמנט[9].