החל מוועידת ברלין בשנת 1884 ועד שנת 1975 נקראה הטריטוריה סהרה הספרדית והייתה תחת שלטון ספרד. עם סיום השלטון הספרדי תבעו מרוקו ומאוריטניה ריבונות על הטריטוריה, וחילקו את שטחה ביניהן. שני החלקים נקראו סגייה אל-חמרה וריו דה אורו. מרוקו כבשה את שני חלקיה הצפוניים של סהרה המערבית בשנת 1976. במקום קמה תנועת מחתרת בשם חזית פוליסריו, בתמיכת אלג'יריה. ב-1979 נסוגה מאוריטניה מחלקי הטריטוריה שבהם שלטה, ומרוקו תפסה את רוב השטח. מאבקה של התנועה נמשך עד היום, מכיוון שמרוקו ממשיכה לטעון לריבונות על שטח זה. כדי לחזק את שלטונה במקום יישבה מרוקו יותר מ-100,000 תושבים מאזרחיה, ואילו חלק גדול מכ־200,000 התושבים המקוריים בבירה אל-עיון נעקרו מבתיהם ויושבו במחנות פליטים. לאחר הכיבוש החלה מלחמת גרילה נגד המרוקאים, אולם זו הסתיימה בהסכם הפסקת אש משנת 1991 ובהקמת MINURSO.

התושבים המקומיים הכריזו על עצמאות הטריטוריה בשם רפובליקת סהרה הערבית הדמוקרטית, אולם מרוקו התעלמה מההכרזה. רוב מדינות העולם אינן מכירות בריבונות מרוקו על השטח.

מרוקו הקימה חומת גבול לאורך 2,700 ק"מ המוגנת על ידי 120,000 חיילים מרוקאים ומוקפת במוקשים. החומה מחלקת את סהרה המערבית בין השטח הנשלט על ידי מרוקו ובין השטח בשליטת מחתרת "חזית פוליסריו" השואפת לעצמאות סהרה המערבית. נכון לשנת 2020, שלטה מרוקו בכשלושה רבעים מהטריטריה. חזית הפוליסריו שלטה בשאר השטח.[1]

בנובמבר 2020, לאחר כ-30 שנות הפסקת אש, חודש העימות בין חזית פוליסריו למרוקו,[2][3] בעקבות מבצע צבאי שפתחה מרוקו.[4]