הקרואטים הגיעו לאזור קרואטיה של היום במאה ה-7 לספירה. בראשית המאה ה-10 הם הקימו ממלכה משלהם. מאוחר יותר השתלטו עליה ההונגרים, ובתחילת המאה ה-12 הפכה "ממלכת קרואטיה" לחלק מהונגריה. במשך מאות שנים שהייתה נתונה לשלטון הונגרי, שמרה הישות הקרואטית על אוטונומיה.

במאה ה-16 כבשה האימפריה העות'מאנית את רוב שטחי קרואטיה, ועל החלק הנותר השתלט בית האבסבורג. בסוף המאה ה-17 הצליחה האימפריה ההבסבורגית לכבוש את האזורים שהיו קודם לכן בשליטת העות'מאנים.

בשנת 1918 הצטרפה קרואטיה לחבלים נוספים באזור מערב הבלקן, ואלו ייסדו יחד את "ממלכת הסרבים הקרואטים והסלובנים", אשר שמה שונה מאוחר יותר לממלכת יוגוסלביה.

במהלך מלחמת העולם השנייה הקימו הכובשים הנאצים בקרואטיה ממשלת בובות של תנועת האוסטאשה בהנהגת הפשיסט הקרואטי אנטה פאבליץ' וזו השמידה מאות אלפי יהודים, צוענים וסרבים. הקרואטים תחת ממשלתו של פאבליץ' היו משתפי-הפעולה היחידים של הנאצים שהקימו מחנות-ריכוז של-ממש בעצמם, ותפעלו אותם באופן אכזרי גם לעומת הנאצים. הגדול באלו היה מחנה יאסנובאץ. בתום המלחמה הפכה קרואטיה לרפובליקה במסגרת יוגוסלביה.

ביוני 1991 הכריזה קרואטיה על עצמאותה (גם שכנתה הצפונית סלובניה הכריזה על עצמאותה באותה שנה). בעקבות זאת פרצה מלחמה בין הקרואטים לסרבים. צבא יוגוסלביה, שבו היה רוב סרבי, תמך בסרבים. הסרבים כבשו במסגרת זו כ-30% משטחי קרואטיה. בשנת 1995, במהלך המלחמה בין סרביה לבוסניה, פתחו הקרואטים במלחמה נגד המובלעת הסרבית במרכז קרואטיה. הקרואטים ניצחו במערכה זו, אף על פי שנשמעה ביקורת בעולם לגבי האופן בו הלחימה בוצעה ויש שטענו שמטרתה הייתה טיהור אתני של קרואטיה מסרבים. לאחר סיום הלחימה קרואטיה הפכה לאחת המדינות היציבות בבלקן (יחד עם סלובניה).