בשנת 1249, כבש המלך אפונסו השלישי את פארו בדרום, ובכך הייתה פורטוגל לממלכה הנוצרית הראשונה בחצי האי האיברי אשר נשלם בה תהליך הרקונקיסטה, גבולות פורטוגל של המאה ה-13 נותרו עד ימינו.

במהלך עידן התגליות, בין המאה ה-15 למאה ה-16, הרחיבה פורטוגל את אחיזתה מעבר לים, וכפועל יוצא הפכה לאימפריה עולמית רחבת ידיים. היא הפכה למעצמה בעקבות יורדי ים שיצאו בשליחותה ואשר גילו את הנתיב הימי בין אירופה להודו. ב-1494 הסדיר חוזה טורדסיאס את חלוקת העולם החדש בינה ובין ספרד.

רעידת האדמה והצונאמי של 1755, אשר הרגו יותר משליש מאוכלוסייתה של הבירה ליסבון והחריבו את רובה של העיר העתיקה, היו בעלי השפעה על הפוליטיקה הפנימית. ב-1808 נכבשה פורטוגל על ידי צרפת במסגרת המלחמות הנפוליוניות. בית המלוכה הפורטוגלי ברח לברזיל. זמן קצר לאחר מכן, הכריזה ברזיל על עצמאותה תחת שלטונו של פדרו הראשון, יורש העצר הפורטוגלי, שהכתיר עצמו כקיסר ברזיל.

המאה ה-19 אופיינה בליברליזם. המחלוקת בין קיסר ברזיל פדרו הראשון הליברל לבין אחיו מלך פורטוגל מיגל השמרן שהדיח את מריה הראשונה, בתו של קיסר ברזיל מכס המלוכה של פורטוגל, הובילה למלחמת אזרחים בין השנים 1832–1834 ולחוקה חדשה ב-1836. בפוליטיקה ובחברה בפורטוגל של המאה ה-19 שרר חוסר יציבות.

ב-1910 הוכרזה פורטוגל כרפובליקה, והמלך יצא לגלות בממלכה המאוחדת.

בשנים 1932 עד 1968 התקיימה בפורטוגל דיקטטורה תחת אנטוניו דה אוליביירה סלזאר. במהלך מלחמת העולם השנייה הוביל סלזאר את פורטוגל בדרך האמצע בין בעלות הברית ומדינות הציר. ברית הנייטרליות האיברית נחתמה בין שני העריצים, הספרדי פרנקו והפורטוגלי סלזאר, בשנת 1939. סלזאר סיפק עזרה לבעלות הברית והרשה להן להשתמש באיים האזוריים כבסיס. הוא הניח כי אם יצטרף למלחמה לצד גרמניה, יוביל המאבק עם בריטניה לאובדן המושבות הפורטוגליות באפריקה ובאסיה.

ב-1945 שלטה פורטוגל באיים האזוריים, במדיירה, באיי כף ורדה, בסאו טומה ופרינסיפה, באנגולה, בגינאה ביסאו, בקבינדה, במוזמביק, ובמושבות גואה, דאמאן ודיו שבהודו, מקאו שבסין, ומזרח טימור שבדרום-מזרח אסיה. סלזאר לא ראה צורך להרחיב את המושבות, אך ראה צורך להבטיח את המשך השליטה בהן. המושבות היו הבסיס לגאוותה הלאומית של פורטוגל, שראתה עצמה ככוח הקולוניאלי השלישי בחשיבותו בעולם. גם לאחר שהחל תהליך הדה קולוניזציה באסיה ובאפריקה לאחר תום מלחמת העולם השנייה, סירבה פורטוגל בכל תוקף להעניק עצמאות למושבותיה. סלזאר התעלם מגינוי מדיניותו באו"ם ודיכא את התנועות הלאומיות במושבות בשפיכות דמים רבה, שהגיעה לשיאה במרד באנגולה ב-1961 שבו נהרגו כ-50,000 אנגולים וכ-2,000 חיילים פורטוגליים.

פורטוגל הצטרפה לברית נאט"ו בשנת 1949, והדגישה את מעמדה כבסיס נגד הקומוניזם, אך נותרה מדינה מסתגרת וחשדנית, שלא אפשרה השפעה חיצונית. ב-14 בדצמבר 1955 הצטרפה פורטוגל לאו"ם. ב-1968 לקה סלזאר במוחו, דבר שהכריח את הנשיא אמריקו טומאש לפטר אותו מתפקידו. ממשיכו בתפקיד היה מרסלו קייטנו, שהמשיך בקו של דיקטטורה שמרנית שבו נקט סלזאר.

בשנת 1974 הובילו קציני צבא צעירים שקצו בשלטון השמרני, במלחמות הקולוניאליות, ובסגירותה של פורטוגל לעולם, מהפכה ללא שפיכות דמים שכונתה מהפכת הציפורנים (שכן החיילים שביצעו את המהפכה הכניסו פרחי ציפורן לקני רוביהם על מנת להדגיש כי מדובר במהפכה שקטה). המהפכה הובילה להדחתו של קייטנו ולרפורמות דמוקרטיות נרחבות, שהביאו את הדיקטטורה הסלזארית לסיומה, והובילו לשחרור המושבות אנגולה ומוזמביק.

בבחירות הדמוקרטיות שנערכו באפריל 1976 זכתה המפלגה הסוציאליסטית במספר מושבים מספיק בפרלמנט על מנת להקים ממשלת מיעוט בראשותו של מריו סוארש. לממשלה זו התנגדו הקומוניסטים משמאל והשמרנים מימין, וסוארש נאלץ להתפטר מתפקידו בשנת 1978. האווירה השמאלית שהביאה עמה המהפכה התפוגגה, וממשלות השמאל פינו את מקומן לסדרת ממשלות שמרניות עד 1983, עת שוב זכה סוארש בבחירות, ושוב כיהן כראש ממשלה עד 1985. הישגו העיקרי בתקופה זו היה כניסת פורטוגל לאיחוד האירופי ב-1986. ב-1999 העבירה פורטוגל לסין את מקאו, השריד האחרון לאימפריה הפורטוגלית.