בעמק קטמנדו קיימת התיישבות חקלאית משמעותית לפחות החל מהמאות הראשונות לפני הספירה, ושלטון מלוכני ריכוזי החל מהמאה החמישית לספירה. עם זאת, לאורך מרבית ההיסטוריה לא היה שטח מדינת נפאל המודרנית נתון תחת שלטון אחד, והשם נפאל התייחס לאזור עמק קטמנדו בלבד.

נפאל אוחדה במחצית השנייה של המאה ה־18, כאשר פריטוי נאראיאן שאה, השליט של נסיכות גורקה הקטנה, כבש שטחים רבים ויצר מדינה המורכבת מכמה מדינות עצמאיות. יורשיו לא הצליחו לשמור על שלטון מרכזי חזק, מה שהוביל לתקופה של מהומות פנימיות. בשיאן התרחשה מלחמה בין נפאל לבין בריטניה, שהסתיימה בהסכם שהעניק לבריטניה מספר נפות נפאליות. עם זאת, הבטיח ההסכם את עצמאותה של נפאל, והיא מעולם לא הייתה נתונה תחת שלטון קולוניאלי. היציבות חזרה לאחר 1846, כאשר משפחת ראנה תפסה את השלטון בהפיכה אלימה, וביצרה את מעמדה על ידי ראשי ממשלה תורשתיים שהשאירו את המלוכה במעמד סמלי בלבד. שלטונם נמשך עד 1951, אז חזר השלטון לבית המלוכה בהפיכה הנחשבת לייסודה של נפאל המודרנית. תחת שלטון זה נעשו ניסיונות לשילוב משטר מלוכני עם דמוקרטי ולקדם תהליכי מודרניזציה במדינה.

ב-1 ביוני 2001, הנסיך יורש העצר דיפנדרה פתח בטבח בארמון המלכותי, ככל הנראה בתגובה לסירובה של אימו, אייסוואריה, מלכת נפאל, לקבל את בחירתו בכלה. הוא ירה והרג את הוריו, המלך בירנדרה והמלכה אישוואריה, כמו גם כמה מאחיו ודודיו, לפני שירה בעצמו. ב-4 ביוני הוכרז דודו גיינדרה, אחיו של בירנדרה, כמלך נפאל.

מאז 1996 התקיים מאבק מזוין במדינה בין כוחות הממשלה לבין המורדים המאואיסטים בצפון מערב המדינה. מלחמת אזרחים זו גבתה יותר מ-12,000 הרוגים. בנובמבר 2006 נחתם הסכם שלום בין הצדדים, שבו התחייבו המורדים להעביר את נשקם וצבאם לפיקוחו של האו"ם ולהצטרף לפרלמנט ולממשלה.

בתחילת שנת 2005 פיטר המלך את הממשלה, הכריז על משטר חירום ותפס צבאית את השלטון במדינה. תחת השלטון הצבאי הקצין המלך את מאבקו במורדים.

בעקבות לחץ בינלאומי, ומהומות והפגנות במדינה, ביטל המלך את משטר החירום. בהסכמת המפלגה השלטת הוקמה ועדה לבדיקת האירועים והמהומות שפרצו לאחר תפיסת השלטון על ידי המלך.

אזרחים רבים רואים בגיינדרה אחראי לטבח המלכותי ביוני 2001. בנו פאראש, יורש העצר גם הוא דמות שנויה במחלוקת, ואף נחשד מספר פעמים ברצח, אבל מעולם לא נחקר. נפאלים רבים לא היו רוצים לראות את גיינדרה או בנו על כס המלוכה, ולכן צברה תנועת המחאה הרפובליקנית המובלת על ידי סטודנטים פופולריות רבה[דרוש מקור].

ב-28 במאי 2008 ביטלה האספה הלאומית המיוחדת של נפאל את שלטון המלוכה[1].

ב-25 באפריל 2015 התרחשה סמוך למחוז לאמג'ונג רעידת אדמה בעוצמה 7.9 בסולם מגניטודה לפי מומנט. כתוצאה מרעידת האדמה והרעידות שנלוו לה נהרגו מעל ל-8,000 אנשים במדינה, נפצעו עשרות אלפים, ונגרם נזק מוערך של כ-3.5 מיליארד דולר.