פיסגת ההר הכילה ככל הנראה ביצורים עתיקים שנבנו על ידי השבטים הליגורים והקלטים וזאת בשל מיקומו השולט מבחינה טופוגרפית של האתר על הכניסה המזרחית לעמק. בשנת 63 בתקופה הרומית הוקם באתר מוצב צבאי שתפקידו היה להגן על הדרך העיקרית שבין גאליה לרומא. בשנת 569 בימי הביניים המוקדמים, בתקופה שלאחר נפילת האימפריה הרומית המערבית, הקימו הלומבארדים באתר מבצר להגנה מפני פולשים פרנקים. בשנת 773 נכבש המקום על ידי כוחות האימפריה הפרנקית, ובשנת 888 על ידי הסרצנים.

קיים רק מעט מידע על ההיסטוריה של המבצר, והמהימן ביותר הוא זה של הנזיר ויליאם שחי בו במאה ה-11 אשר חיבר את "הכרוניקה של מיכאל הקדוש מקלוזה" (Chronicon Coenobii Sancti Michaelis de Clusa) ולפיו החלה הקמת המנזר בשנת 966 ולחלופין כי הבניה התנהלה בין השנים 999–1003 בתקופת כהונתו של האפיפיור סילבסטר השני.

מבנה הקריפטה של המנזר נבנה במאה ה-10 והושפע מהאדריכלות הביזנטית. על פי המסורת הוא נבנה על ידי הנזיר ג'ובאני וינצ'נזה שהיה בעברו הארכיבישוף של רוונה, והוקדש לכבודו של המלאך מיכאל. במשך השנים ובהשפעת הנזירים הבנדיקטינים שהתיישבו בו, נוספו למבנה המקורי הרחבות על מנת לאפשר לנזירים ועולי רגל לרומא בדרך הפרנקית לשהות במקום. בשנת 1255 התקיים באתר טקס החנוכה וההקדשה של הכנסייה. בשנת 1315 נכתב במנזר מחזור התפילות של מיכאל הקדוש לשימוש הנזירים במקום. במשך השנים ובהשפעת מחלוקות בתוך בית סבויה ומעורבות האפיפיור אורבנוס השישי, איבד המנזר מחשיבותו הפוליטית ופעילות דעכה. בשנת 1622 נכבש המנזר על ידי האפיפיור גרגוריוס החמישה עשר והוא נשאר נטוש עד 1835 כאשר קרלו אלברטו, מלך סרדיניה והאפיפיור הורו על אכלוסו וחידוש הפעילות בו, והפעם ברוח הכנסייה הקתולית. בשנת 1900 החל במנזר פרויקט חידוש ושימור בפיקוח ממשלתי במסגרתו נוספו אלמנטים אדריכליים בסגנון ניאו רומנסקי.