צמיחת קתדרלת סטפן הקדוש: המבנים העתיקים ביותר בקתדרלה הם המגדלים הרומים ודלת הענק מהכנסייה הראשונה שנשרפה. אלה שולבו ב-כנסייה השנייה הבנויה בסגנון רומנסקי, שהחליפה את הכנסייה הראשונה. 40 שנה מאוחר יותר החלה הבנייה של בית המקהלה האלברטיני (Albertine) בסגנון גותי. 55 שנה מאוחר יותר, נבנו תוספות הדוכס רודולף הרביעי שהגדילו את המבנה ועטפו את הכנסייה השנייה. הכנסייה השנייה פורקה לאחר השלמת המבנה הגותי של הכנסייה השלישית, שהיא המבנה אותו אנו רואים כיום.

בראשיתה נבנתה קתדרלת סטפנוס הקדוש ככנסייה קהילתית ב-1147, אך היא נבנתה מחדש והורחבה במהלך המאות שלאחר מכן. הבנייה הסתיימה ב-1511, אך תיקונים ועבודות שחזור נמשכים עד היום.

בעבר רווחה הסברה שהכנסייה נבנתה בשדה פתוח מחוץ לחומות העיר; אך חפירות שנערכו בשנת 2000, במטרה להתקין מערכת חימום, חשפו קברים שתוארכו באמצעות פחמן רדיואקטיבי למאה ה-4, בעומק 2.5 מטר מתחת לפני הקרקע. 430 השלדים שנמצאו שם הועברו לקטקומבות. הועלו סברות כי ייתכן שאלפים אחרים נקברו בבית קברות עתיק זה, החל מהתקופה הרומית, וכי כנסייה זו, ולא כנסיית רופרכט (Ruprechtskirche), היא הכנסייה העתיקה ביותר בווינה.

הכנסייה המתועדת הראשונה באתר נבנתה ב-1137 בידי הדוכס לאופולד הרביעי תחת חוזה מאוטרן עם רגינמאר הבישוף של פאסאו. הכנסייה הוקדשה לסטפנוס הקדוש, הפטרון של קתדרלת הבישוף בפאסאו. המבנה הראשון נבנה בסגנון רומנסקי, ונחנך עשר שנים לאחר מכן במעמד קונראד השלישי, מלך גרמניה, הבישוף אוטו מפרייזינג ועוד מספר רב של אצילים שעמדו לצאת למסע הצלב השני.[1] ברם, הוא הושלם רק ב-1160,[2] ומאז עבר סדרת שינויים ושיפוצים. הקיר המערבי הנוכחי וצמד המגדלים הרומאניים מתוארכים ל-1237. בשנת 1258 פרצה שרפה גדולה בעיר, שכילתה גם את הכנסייה. במקומה נבנתה כנסייה שנייה, גדולה יותר, גם היא בסגנון רומנסקי, ששילבה את המגדלים הרומים והשער, ונחנכה ב-23 באפריל 1263, תאריך שמצוין כל שנה על ידי צלצול הפעמון הגדול (פומרין) במשך כשלוש דקות. מבנה זה היה הכנסייה השנייה באתר.

בשנת 1304 הורה הקיסר אלברכט הראשון על בנייה של בית מקהלה בן שלושה אגפים בסגנון גותי ממזרח לכנסייה, באופן שיהיה רחב דיו לפגוש את קצוות בית הרוחב הישן. העבודה נמשכה תחת שלטון בנו, הדוכס אלברכט השני; בית המקהלה החדש נחנך ב-1340, ביום השנה ה-77 לחנוכת הכנסייה הקודמת. המוטיב של הריהוט באגף הצפוני עסק במריה הקדושה, באגף המרכזי בסטפנוס הקדוש ובשאר הקדושים, ובאגף הדרומי בשנים-עשר השליחים. חלק זה של הקתדרלה הנוכחית נמצא מזרחית לבית הרוחב הקצר והעבה, ונקרא "בית המקהלה האלברטיני".

ב-1359 הניח בנו של אלברכט השני, רודולף הרביעי, דוכס אוסטריה "המייסד", את אבן הפינה באזור המגדל הדרומי להרחבה של הכנסייה מערבה בסגנון גותי, הרחבה שמקיפה את הכנסייה הישנה. לאחר השלמת המבנה הגותי פורקה הכנסייה הישנה והוצאה מתוך המבנה. רודולף הרביעי העלה את מעמד הכנסייה ומינה מועצת קנונים הראויה לקתדרלה.

ואכן, בשנת 1469, בעקבות בקשתו של פרידריך השלישי, קיסר האימפריה הרומית הקדושה, העניק האפיפיור פאולוס השני מעמד של דיוקסיה לווינה ובעקבות זאת מינה הקיסר בישוף לכנסיית סטפנוס הקדוש, שנהפכה לקתדרלה. הדיוקסיה נחנכה ב-18 בינואר 1469 כאשר קתדרלת סטפנוס הקדוש היא מרכזה. ב-1722 תחת שלטונו של קרל החמישי, קיסר האימפריה הרומית הקדושה, העלה האפיפיור אינוקנטיוס השלושה עשר את הבישופות לדרגה של ארכיבישופות.[2]

קתדרלת סטפנוס הקדוש ניצלה מנזק מכוון בידי הוורמאכט הגרמני בזמן מלחמת העולם השנייה, כאשר סרן גרהרד קלינקיכט התעלם מפקודות של מפקד העיר זפ דיטריך "לירות מאות פגזים ולהשאיר אותה בהריסות ואפר".

ב-12 באפריל 1945 נפגעה הקתדרלה קשות מאחת השריפות, שהוצתה בידי בוזזים כאשר חיילים רוסיים נכנסו לעיר. מגן מלבנים נבנה סביב דוכן הדרשה, קברו של פרידריך השלישי ואוצרות אחרים, כך שהנזק לאוצרות האמנות היקרים ביותר היה מזערי. עם זאת, השרפה כילתה את ספסלי המקהלה שגולפו בעץ על ידי וילהלם רולינגר בין השנים 1476 ו-1487[3] שיקום המבנה החל מיד לאחר תום המלחמה, והוא נפתח חלקית ב-12 בדצמבר 1948 ובאופן מלא ב-23 באפריל 1952.