האי פילה הפך למקום בולט בהיסטוריה של מצרים העתיקה רק בתקופת השושלת ה-25, בשנת 700 לפנה"ס לערך. המקדש הקדום ביותר ששרד באתר הוא מהמאה ה-4 לפנה"ס. הוא נבנה בתקופת השושלת השלושים לאלה חתחור בימי נכתנבו הראשון ונכתנבו השני,[1]

שמו העתיק של האי הקטן היה פילאק, שמשמעותו היא הקצה שסימל את קצה גבולה הדרומי של מצרים העתיקה. במקום שהיה הגבול הדרומי של הממלכה, הציבו פרעוני מצרים חיל מצב חזק.

האי פילה היה מרכז דתי חשוב בתקופה התלמיית, וגם בתקופה הנוצרית הקדומה. בתקופה ההלניסטית נמצא במקום מחנה של חיילים מוקדוניים, ובהמשך בתקופה הרומית לחיילים רומיים. המקדש העיקרי על גבי האי, לאלה איזיס, נבנה בתקופת בית תלמי. מקדשים אחרים הוקדשו לאלים אחרים כמו חתחור והורוס. להערכת האגיפטולוגים, המקדש בפילה היה המקום האחרון שבו המשיכו לעבוד את אלי הדת המצרית, והטקסט האחרון בכתב חרטומים נכתב בפילה בסוף המאה ה-4 לספירה.

המקדש בפילה נסגר רשמית במאה ה-6 לספירה על ידי הקיסר הביזנטי יוסטיניאנוס הראשון (527–565 לספירה).[1] פילה היה מקום מושבם של מאמיני הדת הנוצרית במקביל למאמיני הדת המצרית. במקום נמצאו שרידים של כנסייה נוצרית. בחלק מההיכלות הפנימיים בתוך המקדש, נמצאו עקבות של ממצאים שנועדו לשרת בתקופות שונות את האמונה באוזיריס ואת האמונה בישו.

האי פילה משך תשומת לב רבה במאה ה-19. בשנות ה-20 של המאה ה-19, ביקר באי האגיפטולוג והאוצר ג'וזף בונני (אנ'). בשנים 1873–1874 ביקרה במקום הסופרת אמליה אדוארדס. בהמשך, לאורך התקופה הוויקטוריאנית, הפכה התיירות לאי פילה להיות פופולרית.

ב-1902 הושלמה על ידי הבריטים בניית סכר אסואן הנמוך על הנילוס. הסכר הביא לעליית המים באגם שנוצר מדרומו, ובכך הועמדו בסכנת הרס אתרים עתיקים רבים. המקדש של פילה החל לשקוע מתחת לגובה פני מי הנילוס. הסכר הוגבה פעמיים, בפעם הראשונה בין השנים 1907–1912 ובפעם השנייה בין השנים 1929–1934. האי פילה היה כמעט תמיד מוצף במים, למעט החודשים יולי-אוקטובר, בהם נפתח שער הסכר לזרימת מים מסיבית יותר.

כבר אז הוצע להעביר את המקדשים בחלקים למקום אחר, בין המקומות שהוצעו היו איים סמוכים כמו ביג'ה (Bigeh) והאי יב. במקום העברה, חוזקו יסודות המקדשים ומבנים אדריכליים אחרים. למרות חיזוק המבנים, נגרם נזק לצומח המיוחד וכן צבעם של התבליטים נשטף. בנוסף, המקדשים התמלאו בטין סחף ופסולת שהגיעה מהנילוס.

המקדשים הצליחו לשרוד במצב טוב מהעת העתיקה, אבל עם כל הצפה מצבם החמיר. בשנות ה-60 של המאה ה-20, שליש מהמבנים היה שקוע במים לכל אורך השנה.

ב-1960 יזמה אונסק"ו פרויקט של הצלה של המבנים על האי מהצפת מי הנילוס שהלכו וגאו. בתחילה חשבו לבנות 3 סכרים כדי ליצור סביב האי אגם קטן שבו גובה המים יהיה נמוך יותר. בתחילה בנו סכר עצירה גדול שנבנה משתי שורות של לוחות של פלדה, כשביניהן הוכנס מיליון מטר מעוקב של חול. כל המים שחילחלו מבעד הלוחות נשאבו.

בשלב הבא נוקו כל המונומנטים ונלקחו מידותיהם באמצעות שימוש בשיטה של פוטוגרמטריה. שיטה זאת אפשרה לאחר מכן לשחזר במדויק את המבנים על פי גודלם המקורי כפי שנבנו בעת העתיקה. לאחר מכן פורק כל מבנה לכ-40,000 יחידות, שהועברו אל האי אגילקיה שנמצא במרחק 500 מטר מהאי המקורי, כשהם מוצבים במקום גבוה יותר.