הפסל המפורסם של שלושת הקופים החכמים (ניקו טושוגו) מהמאה ה-17

במהלך המאה ה-8 הקים הנזיר הבודהיסטי שודו שונין את הבניינים הראשונים על מורדות הר ניקו, שזמן רב לפני כן נחשב למקום קדוש. חלק מהמבנים בפוטאראסאן-ג'ינג'ה ורינו-ג'י מתוארכים לתקופה זו.

הכפר של ניקו התפתח מסביב למקדשים הללו. מקדש טושו-גו הושלם ב-1617 והפך למוקד תיירות אזורי במהלך תקופת אדו. בתקופה זו נבנו גם מספר דרכים שנועדו להקל על הגישה למקום.

בשלהי המאה ה-12 הוקמה שוגונות קאמאקורה באזור קאנטו. דבר זה גרם להתחזקות מעמדה של ניקו כאתר קדוש חשוב בקאנטו בגלל מבני הדת המפוארים שהיו בה בנוסף על המיקום ההררי. אולם, האתר ננטש כמעט לחלוטין במהלך המאה ה-16 בעקבות המהפכה של תקופת מורומאצ'י.

מקדשי ניקו אוכלסו מחדש בתחילת המאה ה-17. ניקו נבחרה כאתר שבו ישכון הטושוגו, שהיה מקדש בעל כמה מבנים שהוקמו על מנת להכיל את המאוזוליאום של טוקוגאווה איאיאסו, מייסד שוגונות טוקוגאווה. שלטון זה היה קיים במשך 250 שנים. מאז תקופה זו, ניקו מילאה תפקיד חשוב כסמל של ריבונות מדינית גם עבור מנהיגי המדינות השכנות ששלחו את שגריריהם לחלוק כבוד לאיאיאסו.

בשנת 1871 החליטה ממשלת מייג'י לפצל את האחריות על האתר למאמינים משתי דתות במקום אחת: פוטאראסאן-ג'ינג'ה וטושוגו עברו לאחריות מאמיני השינטו, ורינו-ג'י עבר לאחריות הבודהיזם. הארגון מחדש כלל גם עבודות שיקום בחלק מהאתר. ב-1897 נחקק חוק שלפיו המקום נחשב לאתר מוגן, דבר שהתאפשר בגלל חשיבותו הדתית וההיסטורית. ההגנה החוקית הוגברה מאז בכמה הזדמנויות.

ניקו הוכרזה כעיירה ב-1889 ושולבה במחוז קאמיטסוגה. ב-1954 שונה מעמדה של ניקו והיא הפכה לעיר, לאחר שהתאחדה עם כפר אוקורוגאווה הסמוך. ב-20 במרץ 2006 ניקו התאחדה עם העיר אימאיאצ'י והרשויות המקומיות של אשיו, פוג'יהארה וקורייאמה. העיר החדשה שנוצרה נקראה גם כן ניקו. היכל העיר החדש הוא הבניין שבעבר היה היכל העיר אימאיאצ'י.