לא ניתן היה לברר את ההיסטוריה המוקדמת של המבצר מחוסר ראיות. שמו הקדום ביותר של המבצר הוא מאצ'ינדראפור, ואילו ההיסטוריון סהיב האקים כינה אותו מאהור. ההערכה היא שהמבצר המקורי נבנה על ידי המלך סמפרטי מהאימפריה המאורית בגלל חשיבות אסטרטגית במהלך המאה ה-6. ההיסטוריה שלאחר מכן עד שנת 1303 לספירה עד הפלישה של עלאא א-דין אל-ח'לג'י מעורפלת שכן המבצר היה חסר משמעות באותה תקופה.

קומבלגר בצורתו הנוכחית נבנה על ידי רנה קומבה (אנ') שהיה הרנה (המלך) של מאוור מחמולת סיסודיה (אנ') הראג'פוטית. רנה קומבה נעזר באדריכל המפורסם של התקופה, "מנדאן". ממלכת מאוור של רנה קומבה השתרעה מרנתמבור עד גוואליור וכללה קטעים גדולים ממדינות מאדהיה פרדש וראג'סטאן של ימינו. מתוך 84 המבצרים בשליטתו נאמר כי רנה קומבה בנה 32 מהם, מתוכם קומבלגר הוא הגדול והמשוכלל ביותר.

מבצר קומבלגר גם הפריד בין אזור מאוור לאזור מארוור (אנ') ושימש כמקום מפלט עבור שליטי מאוור בעת סכנה. מקרה בולט היה במקרה של הנסיך אודאי, המלך התינוק של מאוור שהוברח לכאן בשנת 1535, כשמבצר צ'יטורגר היה תחת מצור. הנסיך אודאי הצליח מאוחר יותר על כס המלוכה. המבצר נותר בלתי חדיר לתקיפה ישירה.

אחמד שאה הראשון (אנ'), סולטן גוג'ראט תקף את המבצר בשנת 1457, אך לא הצליח לפרוץ לתוכו. הייתה אז אמונה מקומית כי אל מקומי בשם בנמאטה מגן על המבצר ולכן הוא הרס את המקדש שלו. היו ניסיונות נוספים בשנים 1458–59 ובשנת 1467 על ידי מחמוד ח'לג'י (אנ'), סולטן מאלווה (אנ') אך גם הם נכשלו. שבאבז חאן, המצביא של אכבר, קיסר האימפריה המוגולית המוסלמית השתלט על המבצר בשנת 1576 בהוראת מאן סינג הראשון (אנ') לאחר הניצחון המוגולי בקרב הלדיגטי (אנ'). אבל הוא נכבש מחדש על ידי המלך הראג'פוטי מהארנה פראטאפ (אנ') בשנת 1585 באמצעות לוחמת גרילה כאשר אכבר היה הרחק בלאהור. בשנת 1818, הקימה קבוצה חמושה של סנייאסה (אנ') (סגפנים בהינדואיזם) חיל מצב להגנה על המבצר, אך שוכנעה על ידי ג'יימס טוד (אנ') והבריטים השתלטו על המצודה ולאחר מכן השיבו אותה למדינת אודאיפור. היו תוספות שנעשו על ידי המהארנות של מאוור, אך המבנה המקורי שנבנה על ידי מהארנה קומבה נשאר. בנייני המגורים והמקדשים שמורים היטב. המבצר ידוע גם כמקום הולדתו של מהארנה פראטאפ.

בקומבלגר מתגוררים כיום כ-300 איש, בחמישה מבנים כפריים ליד מקדשי גולרה ויישוב קהילתי מוסלמי התפתח סביב הכניסה הראשית למבצר.