הקמת המסגד הייתה יוזמתו של נשיא המדינה הקודם זאיד בן סולטאן אאל נהיאן שביקש להקים מבנה שיאחד בין המגוון התרבותי של העולם המוסלמי, עם זיקה היסטורית ומודרנית של אדריכלות ואומנות.

בניית המסגד החלה בשנת 1996 והסתיימה בשנת 2007. עלות הקמתו של המסגד הוערכה בכ-550 מיליון דולר[1], והוא המסגד הגדול ביותר בכל איחוד האמירויות. הוא משתרע על שטח של יותר מ-30 דונמים הכוללים גנים וחניית רכבים.[2] שילוב זה תוכנן בפיקוחו של האדריכל הסורי יוסף עבדלקי, ובין המעצבים האדריכליים החשובים ביותר שהשלימו את התכנון והעבודה בתכנונו, כגון המהנדס באסם אל-ברגותי, האדריכל הסורי מואטז אלחלבי, ו- האדריכל הסורי עימאד מאלאס.[דרוש מקור] מקום קבורתו של זאיד בן סולטאן אאל נהיאן נקבע בסמוך למסגד.[3]

מלאכת התכנון והבנייה של המסגד הוטלה על מספר רב של אומנים ובעלי מקצוע מרחבי העולם למשל מהודו, איטליה, גרמניה, מרוקו, פקיסטן, טורקיה, מלזיה, איראן, סין, בריטניה, ניו זילנד והרפובליקה של מקדוניה.

יותר מ 3,000 עובדים הועסקו בבניית המסגד, ו-38 חברות קבלניות השתתפו בבנייתו. חומרי הגלם העיקריים בבניית המסגד היו שיש, אבן, זהב, קריסטל וחרס עקב תכונותיהם של החומרים ועמידותם לאורך זמן. מעצם היותו המסגד הגדול ביותר במדינה מתקיימות בו התפילות המרכזיות במדינה בימי שישי ובחגים מוסלמיים, ואף פוקדים אותו במהלך תקופות אלו יותר מ-41,000 מבקרים בכל תפילה.[2]

בצריח הצפוני והמזרחי של המסגד ישנה ספרייה המכילה פרסומים עתיקי יומין בנושאי דת האסלאם, אך גם בנושאי אמנות, קליגרפיה, מדעים ותרבות ואף כוללת כמה פרסומים בני יותר מ-200 שנים.

כמו כן החומר הדתי מופיע בספריה במספר שפות כגון ערבית, אנגלית, צרפתית, איטלקית, ספרדית, גרמנית וקוריאנית.

בשנת 2013 עלה המסגד לדיון בינלאומי בעקבות תמונה שצילמה בעת ביקורה במדינה הזמרת ריהאנה עם המסגד ברקע[4]. התמונה גררה תגובות שליליות שעיקרן יחסו לתמונה אופי פוגעני ופרובוקטיבי הפוגע ברגשות הדת, ובשנת 2015 עלה שוב המסגד לכותרות כאשר העלתה הזמרת סלינה גומז לחשבון האינסטגרם שלה תמונה בה היא מצולמת על רקע המסגד, אירוע אשר קיבל תגובות שליליות גם כן.[5]

בסוף אוקטובר 2018 ביקרה במסגד שרת התרבות והספורט של ישראל, מירי רגב, במסגרת השתתפותה במשלחת הישראלית לתחרות הגראנד סלאם שנערכה באותה העת באבו דאבי. רגב, שקיבלה הזמנה רשמית למסגד על ידי בכירים באמירויות, סיירה בו עם מארחיה ואף חתמה בספר האורחים במקום בעברית. רגב, הנחשבת לאישיות הבכירה הראשונה מישראל שזכתה לבקר במסגד ולחתום בספר האורחים שבו, התייחסה לביקור כאל צעד של שלום ואחווה בין העם היהודי לעם המוסלמי.[6][7] בנוסף, בסוף יוני 2019, במהלך ביקורו באבו דאבי במסגרת ועידה של האו"ם, ביקר במסגד שר החוץ הישראלי, ישראל כץ. בינואר 2022 ביקר נשיא מדינת ישראל יצחק הרצוג במסגד במסגרת ביקורו באיחוד האמירויות הערביות. [8]