A fundación da Valeta débese ao grande mestre da orde de San Xoán, Jean Parisot de la Valette, o 28 de marzo do 1566. A orde –que durante moito tempo gobernou toda a illa– decidiu fundar unha nova cidade na península de Scebberras logo do asedio de Malta no 1565, co obxectivo de fortificar a posición da Orde de Malta que, en efecto, acabaría por fixar os cabaleiros hospitalarios na illa.

O plano da cidade foi proxectado por Francesco Laparelli, mentres que boa parte dos edificios máis importantes foron obra de Gerolamo Cassar. A Valeta posúe así unha trama urbana que mostra un bo número de edificios do século XVI e posteriores, pois a maioría levantáronse na época dos cabaleiros de San Xoán de Xerusalén.

Despois dos cabaleiros e do breve intermedio de ocupación francesa, a segunda gran fase de expansión urbanística da cidade correspondeu á administración británica. Ensancháronse as portas das murallas, derrubáronse e reedificáronse edificacións e levantáronse construcións e máis equipamentos cívicos de nova traza. Mais a cidade e as súas infraestruturas sufriron serios danos durante os bombardeos aéreos da segunda guerra mundial, que causaron a destrución, entre outros, do maxestoso teatro da ópera, erguido á entrada da cidade, no século XIX.