O rugby chegou a Perpiñán en 1889, baixo o nome de Union Sportive du Lycée. O primeiro club civil, o Stade Roussillonnais foi fundado pouco despois, mais desaparece en 1902 para deixar paso aos que serían o comezo da USAP, ’Association Sportive Perpignanaise (ASP). Este equipo xogará coas cores vermello e ouro, cores da bandeira de Cataluña. En 1909, a ASP absorbe ao Perpignan Sportif, un club que foi fundado uns anos antes. En 1911, chega o primeiro título nacional, o da segunda división contra o equipo de Dole. Un ano despois prodúcese unha escisión dentro do club, así se crea o Stade Olympique Perpignanais (SOP). Este contratempo non impide á ASP facer boas tempadas na liga francesa de rugby, cunha semifinal en 1913 e sobre todo un título ao ano seguinte contra o Tarbes. A transformación que deu a vitoria ao equipo de Perpiñán a poucos instantes do final do partido xorede dun xove de 18 anos, chamado Aimé Giral, que morrerá na fronte durante a Primeira Guerra Mundial, uns meses despois do falecemento, o club a xeito de homenaxe dálle o seu nome ao seu estadio, e se mantén na actualidade.

Por outro lado, o SOP, proclamouse campión de Francia na segunda división en 1913 (contra a AS Française 14-8).

A guerra interrompeu o desenvolvemento do club. En 1919, os dous clubs da cidade fusionáronse creando así a Union Sportive Perpignanaise (USP). O novo club adopta, as cores azul celeste para a camisola, o branco para os pantalóns e o vermello e amarelo nas medias. O motivo deste troco foi coma unha homenaxe aos xogadores mortos do club durante a guerra de 1914-1918, adoptando a cor azul dos uniformes franceses na guerra.

Iníciase unha época de éxito para o club de Perpiñán, que se consolidará como un dos máis importantes do campionato francés. O seu mellor ano foi 1921: os catro equipos que foron campións eran do Languedoc e os equipos I e II foron campións de Francia. Gañou o seu segundo campionato absoluto de Francia ante o Stade Toulousain en Béziers.

A USP disputou tres finais consecutivas (1924, 1925 e 1926), gañando a segunda contra a AS Carcassonne, e perdendo as outras dúas contra o seu grande rival occitano, o Stade Toulousain que durante aquela época, con 3 títulos era o dominador do rugby francés.

Durante aqueles anos, existía un segundo club de rugby en Perpiñán, o Club des Arlequins Perpignanais. O seu nome débese a que o club era moi pobre nos seus inicios, e decotío os xogadores, propietarios das súas camisolas, non as podían substituír cando estaban rotas e as arranxaban con anacos de tecido que non sempre eran da cor desexada, e de aí un parecido co vestido dun arlequín.

O 5 de maio de 1933, os dirixentes dos dous clubs deciden fusionarse. É así como nace a Union Sportive Arlequins Perpignan. En 1940, o nome é modificado, denominándose Union des Sports Athlétiques Perpignanais.

A USAP, que sería como se denominaría e se coñece na actualidade, disputa dúas novas finais, unha que perdeu en 1935, e outra que en cambio si gañou en 1938, estas dúas finais foron contra Biarritz. Un quinto título conclúe a etapa dourada da USAP, unha liga gañada contra o Bayona en 1944.

Porén, o Rosellón foi un lugar elixido para disputar partidos de rugby XIII, dende o final da Guerra. Este deporte, prohibido polo Réxime de Vichy, renaceu e atraeu ao cadro de xogadores da USAP. Dez campións de Francia de 1944 pasaron así a ser profesionais do rugby XIII.

A pesar de todo, a USAP reconstrúese e chega dúas veces máis ás finais. En 1952 foi derrotada polo FC Lourdes, que comezaba o seu período de dominación do rugby francés. Na segunda final, disputada en 1955 obtén o sexto título de liga, e terían que pasar 54 anos para que os seareiros da USAP disfruten do campionato de liga.

Salvando unha final perdida durante o ano 1977 contra a AS Béziers, a USAP convértese nun clásico do Top 14. Non desenvolve ningún papel importante. O último grande título do club será unha Challenge Yves du Manoir en 1994. A partir de 1997, o club volve aos postos importantes do rugby francés, mais sen chegar a impoñerse. En 1998 disputa unha nova final. É a primeira final que se disputa no Stade de France, a USAP foi vestida para a ocasión co amarelo e vermello, mais perdeu contra o Stade Français París. Logo no ano 2000, baixo a dirección de Olivier Saïsset, antigo adestrador e xogador da AS Béziers (o grande rival occitano de proximidade), o club chega sistematicamente ás fases finais do campionato. Disputa unha nova final, perdida en 2004 unha vez máis, contra o Stade Français París.

O USAP disputa regularmente a Heineken Cup. Logo dunha experiencia na tempada 1998-99, o club participa sistematicamente dende o ano 2001, a destacar a final perdida no 2003 contra o Stade Toulousain.

Saïsset marcha do club logo da derrota na final do campionato de 2004, e é substituído por Philippe Boher e Philippe Ducousso, que levan á USAP ata a semifinal do campionato contra Biarritz na tempada 2005-06 (perdendo por 9 a 12). En maio de 2006, Ducousso cede a súa praza a Franck Azéma.

En 2002 a USAP firmou un convenio de colaboración co Barcelona Universitari Club (BUC), a partir do cal o equipo de Barcelona pasouse a denominar USAP-Barcelona, este club estivo 2 tempadas en División de Honra, e na actualidade o club encóntrase en División de Honra B.

O 6 de xuño de 2009, no Stade de France de París, a USAP volveu a alzar o escudo de Brennus logo de gañar a súa sétima liga, desta vez contra a ASM Clermont Auvergne, por 22 a 13. Nun estadio cheo e miles de seareiros cataláns nas bancadas, o equipo de Jacques Brunel rompeu a seca de títulos do club, cunha magnífica segunda parte. A USAP, que quedara primeira durante a fase regular, xogaba a súa 15a final da liga nos máis de cen anos de historia que ten, das cales só gañara seis.

Na tempada seguinte, a 2009-10, o equipo volveu a acadar a final, novamente contra a ASM Clermont Auvergne, que desta vez foi o gañador.