No outeiro de Rainberg existen indicios dunha ocupación continuada desde o Neolítico até a conquista romana en tempos do emperador Augusto. No outeiro do castelo de Salzburgo e no Kapuzinerberg descubríronse restos de fortificacións do que na Idade de Ferro foi seguramente o centro máis importante do pobo celta dos ambisontes.

Os romanos agruparon as pequenas comunidades agrícolas nunha única urbe, Juvavum, no ano 15 a. C. Probablemente o nome sexa adaptado dun anterior nome celta, e non dunha divindade romana. Tralo colapso da fronteira con Noricum, a vila decaeu, e no século VII xa se convertera nunha ruína.

Cara o ano 700 San Ruperto fundou unha poboación nese lugar, convertida no ano 739 en sede dun obispado e no 798, con Arno, en arcebispado.

Foi gobernado por un Príncipe-Arcebispo até principios do século XIX. O último Príncipe-Arcebispo fue Hieronymus von Colloredo.