Dúas lendas incas atribúen a fundación de Cuzco ó seu primeiro xefe de estado, unha personaxe chamada Manco Cápac, xunto á súa irmá e consorte Mama Ocllo. Nas dúas lendas dise que o lugar foille revelado polo deus sol (Inti) ós fundadores despois dunha peregrinación iniciada ó sur do Val Sagrado dos Incas.

Ruínas incaicas na cidade.

Segundo os datos arqueolóxicos e antropolóxicos que foron estudando o verdadeiro proceso de ocupación de Cuzco, sinálase que, por mor da caída do reino de Tiahuanaco, houbo unha migración dese pobo. Ese grupo duns 500 individuos teríase establecido no val do río Huatanay, o cal levaría á fundación de Cuzco. A data exacta é descoñecida, mais os vestixios atopados polos investigadores indican que a cidade xa estaba habitada hai uns 3000 anos, o cal sinalaría que Cuzco é a cidade habitada mais antiga de toda América.

Algunhas crónicas antigas, como a de Pedro Sarmiento de Gamboa, afirman a existencia de grupos étnicos no val de Cuzco antes do xurdimento do Imperio Inca. Dito autor menciona ós Guallas, ós Sahuasiray e ós Antasayas como os poboadores mais antigos; en tanto que os Alcavizas, Copalimaytas e Culunchimas son considerados moradores mais recentes. Tamén sabemos que os Ayarmacas habitaban na rexión, sendo os únicos que non foron dobregados polos Incas, converténdose nos seus principais rivais no dominio da comarca.

Cuzco foi a capital e sede do goberno do Reino dos Incas e tamén despois cando comezou a época imperial, converténdose na cidade mais importante dos Andes e de Suramérica. Este centralismo deulle pulo á cidade e converteuse no principal centro cultural e relixioso.

Atribúeselle ó gobernante Pachacútec o ter feito de Cuzco un centro espiritual e político. Pachacútec chegou ó poder en 1438. El e mais o seu fillo Túpac Yupanqui adicaron cinco décadas á organización e conciliación dos diversos grupos tribais baixo o seu dominio, entre eles os Lupaca e os Colla. Durante o período de Pachacútec e Túpac Yupanqui, o dominio de Cuzco chegou ata Quito ó norte, e ata o río Maule ó sur, integrando culturalmente ós habitantes de 4.500 km de cadeas montañosas.

Créese tamén que o deseño orixinal da cidade foi obra de Pachacútec. A forma do Cuzco antigo ten forma de puma, coa praza central Haucaypata no lugar que ocuparía o peito do animal. A cabeza do felino estaría no outeiro onde está a fortaleza de Sacsayhuamán.

Os incas artellaron a súa división administrativa de xeito que os límites das catro rexións do imperio coincidisen na praza principal de Cuzco.

Primeira imaxe de Cuzco en Europa, de 1553.

Os conquistadores españois souberon dende a súa chegada a terras do actual Perú que o seu obxectivo tiña que ser a cidade de Cuzco, capital do Imperio.

Despois de apresar a Atahualpa en Cajamarca, comezaron o seu movemento cara a Cuzco. Polo camiño fundaron algunha cidade como ligazón entre a capital do Imperio e a pioneira cidade de San Miguel de Tangarará. O 23 de marzo de 1534, Francisco Pizarro fundou para España a cidade de Cuzco, establecendo como Praza de Armas a antiga praza principal, que estaba rodeada de pazos dos antigos gobernantes incas. Alí comezou a construción da catedral.

Parte da nobreza inca mantivo unha loita durante os primeiros anos da colonia. En 1536 Manco Inca comezou os seus enfrontamentos e creou a dinastía dos Incas de Vilcabamba. Esta dinastía chegou ó seu final en 1572 cando o derradeiro inca, Tupac Amaru I, foi derrotado e executado.

A cidade converteuse nun importante centro comercial e cultural dos Andes centrais xa que se atopaba nas rutas entre Lima e Buenos Aires. Non obstante, a administración do Virreinato situouse en Lima (fundada dous anos despois de Cuzco, en 1535), pola súa proximidade co porto natural do que nun futuro sería Callao para establecer a cabeceira dos seus dominios en Suramérica.

Cuzco foi tomada como cabeceira da administración virreinal no sur do país, sendo nos seus comezos a localización máis importante, por diante das recentemente fundadas Arequipa ou Moquegua. A súa poboación era principalmente de indíxenas pertencentes á aristocracia incaica, ós que se lles respectaran algúns dos seus privilexios, pero tamén se instalaron alí un bo número de españois. Nese tempo comezou o proceso de mestizaxe cultural que actualmente caracteríza á cidade.

O desenvolvemento urbano víuse detido por varios sismos, que en mais dunha ocasión desfixeron a cidade. En 1650 un gran terremoto esnaquizou a maioría dos edificios coloniais.

En 1780 a cidade de Cuzco viuse convulsionada polo movemento iniciado polo cacique José Gabriel Condorcanqui, e Túpac Amaru II levantouse contra a administración española. Ese levantamento foi sufocado despois de varios meses de loita nos que puxo en perigo ás autoridades virreinais da cidade. Túpac Amaru foi vencido e executado coa súa familia na Praza de Armas. Non obstante, o seu movemento estendeuse polo Andes comezando o proceso emancipador suramericano.

En 1814, tivo lugar en Cuzco outro levantamento contra a administración do Virreinato. O brigadier Mateo Pumacahua, mestizo de Cuzco que tivera loitado fronte a Túpac Amaru, comezou a chamada Rebelión de Cuzco cos irmáns Angulo para acadar a independencia do Perú. Este levantamente tamén fracasou.

O Perú declarou a súa independencia en 1821 e a cidade de Cuzco mantivo a súa importancia dentro da organización político-administrativa do país. Creouse o Departamento de Cuzco, que abranguía mesmo territorios amazónicos ata o límite con Brasil. A cidade foi declarada capital dese departamento e a cidade mais importante do sueste andino.

A partir do século XX a cidade comezou un desenvolvemento urbano máis rápido do que houbera ata entón, chegando a estenderse polos distritos veciños de Santiago e Wanchaq. En 1911 partiu da cidade a expedición de Hiram Bingham que o levou a explorar as ruínas de Machu Picchu.

En 1933 a cidade foi declarada "Capital Arqueolóxica de América" polo Congreso de Americanistas realizado en La Plata, Arxentina. Un sismo destruíu un terzo dos edificios da cidade en 1950, o cal provocou unha nova reconstrución da cidade con intereses turísticos. En 1978, a Convención de Alcaldes das Grandes Cidades Mundiais declarou a Cuzco "Herdanza Cultural do Mundo". Finalmente a Unesco, o 9 de decembro de 1983, declarou á cidade "Patrimonio Cultural da Humanidade". O estado peruano declarou entón a Cuzco "Capital Turística do País" e "Patrimonio Cultural da Nación". Mais recente foi a inclusión de Cuzco na constitución peruana de 1993 como "Capital Histórica do Perú". En 2007 Machu Picchu foi elixida como "unha das novas sete marabillas do mundo".

Na actualidade Cuzco é o principal destino turístico do Perú, é unha cidade en crecemento, e está nun proceso de recoñecemento dos antigos nomes quechuas en rúas e prazas.

Vista panorámica da cidade de Cuzco dende o sur.