A cidade de Bergen foi fundada no s.XI polo rei Olav Kyrre no ano 1070. Celebrou o seu 9º centenario en 1970. Foi a capital de Noruega no s.XIII ata 1299. A finais dese século Bergen converteuse nunha das cidades máis importantes da Liga Hanseática. A principal razón da importancia de Bergen foi o comercio do bacallau seco da costa norte de Noruega, comezado sobre o ano 1100.

Os mercadores haseáticos alemáns viviron no seu propio barrio separado da cidades, onde o baixo alemán era a lingua común, gozando de dereitos exclusivos para o comercio cos mariñeiros do norte que cada verán navegaban ata Bergen. Hoxe, aínda se pode apreciar na zona costeira de Bergen chamada Bryggen, declarada Patrimonio mundial pola UNESCO.

En 1349, a peste negra foi introducida en Noruega pola tripulación dun barco inglés que atracou en Bergen. No s.XV a cidade foi varias veces atacada polos Victual Brothers, en 1429 conseguiron queimar o castelo real e gran parte da cidade. En 1536 o rei conseguiu forzar os mercadores alemáns a converterse en cidadáns noruegueses ou volver ao seu país, o que supuxo o declive da influencia alemá. En 1665 o porto da cidade foi o lugar da sanguinolenta batalla de Vågen, entre barcos ingleses por un lado e os barcos holandeses, apoiados polos cidadáns, do outro.

Aínda así durante os ss. XV e XVI Bergen seguiu sendo a cidade máis grande dos países nórdicos, e seguiu sendo a cidade máis grande de Noruega ata 1850, cando foi superada por Oslo. Bergen conservou o monopolio do comercio co norte de Noruega ata 1789.

En 1916 partes do centro da cidade foron destruídas por un devastador incendio, o último de dos moitos que sufriu a cidade ao longo da súa dilatada historia. Durante a Segunda Guerra Mundial a cidade foi ocupada o primeiro día da invasión alemá, o 9 de abril de 1940, despois dunha breve batalla entre os barcos alemáns e a artillería costeira norueguesa.

En 1972, Bergen uniuse cos concellos veciños (Arna, Fana, Laksevåg e Åsane), adquirindo así as súas actuais fronteiras.