La Pologne connaît son apogée au XVIe siècle, sous les derniers rois Jagellon. Son territoire s'accroît : le Duché de Prusse (1525), la Mazovie (1526), la Livonie et la Lettonie (1561), le Duché de Courlande (1562) et la Lituanie (1569). Ses villes s'épanouissent dans le cadre de la Renaissance.

Après l'extinction de la dynastie (1572), le royaume est électif. À l'instigation de Jan Zamoyski, la noblesse, qui affirmait difficilement ses privilèges au XVe siècle, participe désormais à l'élection royale. Avec le haut clergé, elle a le monopole de la propriété foncière.

Jan Zamoyski (1541-1605) est magnat, homme politique et humaniste. Zamość est sa création personnelle. La ville, établie sur son domaine privé, est conçue à des fins de commerce et de résidence personnelle ; il y élève son palais. Il érige à l'heure des guerres religieuses dans le reste de l'Europe, des lieux de cultes pour Juifs, Chrétiens catholiques et protestants. Le projet urbain prend forme en neuf ans (1582-1591). Des fortifications entourent l'ensemble. En 1594, Zamoyski y fonde une Académie, centre de culture polonaise où enseignera le professeur de Wurzbourg Adrien Romain.

À la fin du XVIe siècle, le pays entre dans un long déclin. Zamość est assiégée à plusieurs reprises aux XVIIe et XVIIIe siècles. En 1813, Zamość, forteresse du duché de Varsovie, défendue par le général Maurycy Hauke avec 3 000 hommes, est la dernière place polonaise à se rendre aux Russes après le retrait de la Grande Armée napoléonienne.

Entre 1939 et 1942, environ 5 000 Juifs sont regroupés dans le ghetto de Zamość par l'occupant nazi avant d'être envoyés vers les camps d'extermination.

En 1941, Himmler décide de la construction de points d'appui SS en Pologne. Il charge Odilo Globocnik chef des SS et de la police du district de Lublin, de créer une grande région de colonisation dans le cercle de Zamosc, le district devant constituer la première réalisation du plan général de l'Est[1]. Peuplée de 65 % de Polonais, de 25 % d'Ukrainiens et de 10 % de Juifs, cette région comptant 500 000 habitants avant le conflit doit accueillir une partie des 50 000 familles de Volksdeutsche destinées à repeupler les districts de Lublin et Zamość ; à la fin de l'année 1942, seul le district de Zamość est concerné par les projets coloniaux, 10 000 Volksdeutsche devant remplacer 50 000 Polonais[2].

Au cours du mois de novembre 1942, les projets deviennent réalité. Les Volksdeutsche sont d'abord réunis près de la ville, puis, sous la protection de la police, sont dirigés vers Zamość, où ils sont répartis dans les villages et les habitations, dont les anciens habitants ont été expulsés sans ménagements par la SS[2].

Après le départ des Allemands en juillet 1944 et l’arrivée de l’armée soviétique, des affiches sont placardées à Zamość et dans tout le district. Il est demandé à la population de se grouper autour de l’autorité légale. L’appel est signé par Janusz Sandomierski, pseudonyme utilisé dans la clandestinité par le Délégué du Gouvernement Polonais en exil à Londres, Janusz Antoni Wiącek. Il va entreprendre la réorganisation de l’administration locale : les écoles, la justice, les services de santé, les services de sécurité (police et pompiers), les services fiscaux. Il s’installe à l’hôtel de ville de Zamość et, ce n’est qu’après cette prise de pouvoir insolite qui durera dix jours (du 23 juillet au 3 août) que, sous la menace des armes il laissera la place aux représentants du Comité de Lublin, le PKWN, sorte de gouvernement provisoire prévu par Staline. Une plaque commémorative scellée dans le hall du 1er étage de l’hôtel de ville rappelle ce fait sans doute sans précédent[3].

Au XIXe siècle, la ville est parfois nommée Samoscie en français[4].

Durant la Seconde Guerre mondiale, Ludwig Fischer, gouverneur nazi de Varsovie, l'a surnommée par dérision Himmlerstadt en 1943.[réf. souhaitée]