Le temple a été construit dans les années 1910 après un accord entre le Tsar Nicolas II de Russie et le 13e Dalaï Lama[1].

Agvan Dorjiev, appelé Ngawang Dorjé par les Tibétains, un érudit bouriate proche des tuteurs du 13e Dalaï Lama et un de ses partenaires de débats philosophiques, permit la réalisation du projet de construction[1].

En 1909, Agvan Dorjiev obtint du Tsar la permission de construire cet important temple au centre de Saint-Pétersbourg dont il espérait qu'il deviendrait la résidence du premier gouvernant bouddhiste de Russie. Néanmoins, l'Église orthodoxe se battit contre la construction de ce temple, et, si elle ne réussit pas à empêcher la construction, elle la ralentit considérablement.

Il a été construit, suivant la volonté de Agvan Dorjiev, dans le plus pur style tibétain, avec cependant certaines modifications. Ainsi, les bords des fenêtres ne sont pas peints en noir, mais réalisés avec une pierre naturellement noire. De même, les vajra et d’autres symboles sont en bronze ou en pierre, parfois semi-précieuse, incrustés en haut des piliers et des murs. Une Roue du Dharma (chökhor ridag) entourée de 2 biches est plaquée en or. La couleur bleue des décorations provient directement de turquoises. Les murs étaient décorés avec des motifs et des bandes de voilage multicolores en trompe-l'œil. Des inscriptions en différentes langues ont été réalisées, l’une signifiait «  Puisse le rayonnement de Thubten (l’enseignement du Bouddha, ou Thubten Gyatso, 13e Dalaï-lama) se propager à travers le monde ! »[1].

La première cérémonie fut donnée le 21 février 1913 et la construction complétée en 1915, lorsque Nicolas II de Russie confirma l'arrivée de neuf lamas : trois venus de Transbaïkalie, quatre d'Astrakhan et deux de la région de Stavropol. Une cérémonie importante fut donnée le 9 juin 1914 pour consacrer une statue de Gautama Bouddha, cadeau du Roi Rama VI du Siam ainsi qu'une statue de Maitreya, don du Conseil Russe à Bangkok.

 La plaque où est inscrit le nom complet du temple en russe.

La consécration du datsan fut faite le 10 août 1915, lorsque lui fut donné le nom de Gounzetchoïneï, c'est-à-dire La source de l'enseignement religieux de Bouddha qui a une profonde compassion pour tous les êtres humains[2].

Le bâtiment fut endommagé à de nombreuses reprises. Il fut brièvement contrôlé par l'Armée rouge, qui l'endommagea, en 1919. Quelques réparations furent faites en 1922, mais la majorité furent effectuées en 1926, hélas juste avant une période de persécution du bouddhisme pendant laquelle les monastères étaient fermés et leurs propriétés, incluant des livres sacrés, des ornements, etc. saisies. Malgré tout, le temple resta intact pendant un moment. À la fin de l'année 1933, un dernier service fut même donné en l'honneur du 13e Dalaï Lama, qui venait de décéder le 17 décembre 1933. Néanmoins, en 1935, un grand nombre de lamas furent arrêtés par le NKVD et envoyés pour trois à cinq ans dans des camps de travail. En 1937, les quelques bouddhistes restant dans la ville furent arrêtés et aussitôt exécutés[3].

Le temple fut partiellement détruit et même incendié. Il fut utilisé comme habitation, abandonné, puis utilisé notamment comme laboratoire pour des expérimentations animales[1].

Ce n'est qu'en 1989 que la communauté bouddhiste de Saint-Pétersbourg fut officiellement reconnue. Cette année-là, un service, le premier depuis 50 ans, fut donné par le Lama Kushok Bakula Rinpoché du Ladakh. Le 14 juillet 2004, le 150e anniversaire d'Agvan Dorjiev fut célébré au temple bouddhiste de Saint-Pétersbourg. Une plaque fut posée en son souvenir et un discours fut donné par l'universitaire bouddhiste américain renommé Robert Thurman.

En 1990, Thubten Ngodup, le médium de l'oracle de Nechung, l'oracle d'État du Tibet, a effectué un rituel de purification au Temple bouddhiste de Saint-Pétersbourg, une demande qui lui fut formulé par des Mongols de Mongolie alors qu’il participait la même année à la réunion internationale de la Conférence asiatique bouddhiste pour la paix présidée par Bakula Rinpoché[1].

Thubten Ngodup est retourné à plusieurs reprises en Russie, et pu voir que ce temple avait repris une activité spirituelle. En hommages aux liens entre ce temple et le Tibet, le 14e Dalaï Lama offrit une collection complète du Kangyur, rassemblant les enseignements du Bouddha Sakyamuni en 108 volumes[1].